実験医学増刊 Vol.19 No.11 2001
ゲノム医科学と基礎からのバイオインフォマティクス
ヒトゲノムデータベース,ホモロジー検索,SNP,プロテオーム解析から疾患解析・創薬への応用まで
 出版社  羊土社

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■ 第1章 ゲノム医科学に役立つデータベース

1 生物学・医学の基礎データベースとその利用法
小池麻子 中井謙太
1.基本的なデータベースの使い方 2.疾患と変異関連のデータベース概観 3.遺伝子発現データベース

2 ヒトゲノムデータベース:ヒトゲノムの再構築と遺伝子発見
矢田哲士

1.ドラフトシークエンシングプロジェクトとドラフト配列データ 2.ゲノムを再構築する 3.遺伝子を発見する

3 SNPsデータベース
小笠原理 高木利久

1.ゲノム全体を対象としたSNPsデータベース 2.遺伝子とその近傍を主な対象としたSNPsデータベース
3.多型の頻度情報などに関するデータベース

4 遺伝子発現調節に関するデータベース
Edgar Wingender 高井貴子

1.制御のメカニズム 2.ゲノム上の制御にかかわる領域とそのデータベース 3.遺伝子調節に影響を与える因子のデータベースモデル

5 生命科学のためのオントロジー
高井貴子 高木利久

1.バイオインフォマティクスにおけるオントロジー研究 2.オントロジー研究の歴史 3.オントロジーの定義 4.統合データベースのためのオントロジー 5.データベースとオントロジー 6.自然言語処理とオントロジー 7.UMLS 8.オントロジーの情報科学的技術 9.オントロジーの統合と応用科学との融合

■ 第2章 基盤となるインフォマティクス技術およびツールの紹介

1 ホモロジー検索
安永照雄
1.ホモロジー検索のプログラム 2.インターネットを利用したホモロジー検索 3.自分のコンピュータでホモロジー検索を行う

2 ホモロジー検索以外の遺伝子機能予測手法−物理化学的パラメータに基づく方法を中心として
諏訪牧子

1.細胞内局在情報の抽出 2.膜タンパク質の構造情報 3.水溶性タンパク質の構造情報(二次構造) 4.ドメイン,機能部位の抽出 5.非常に遠いホモログの検索法 6.最近の研究から

3 比較ゲノムによる機能予測
遠藤高帆 五條堀 孝

1.実験的手法による比較ゲノム 2.バイオインフォマティクスとしての比較ゲノム 3.ゲノム構造の進化と機能予測 4.比較ゲノム研究の将来

4 タンパク質立体構造の比較と予測
川端 猛

1.タンパク質立体構造の比較・分類 2.タンパク質の立体構造予測

5 発現情報からの遺伝子ネットワーク推測
藤 博幸 堀本勝久

1.データの形式 2.ネットワーク推定

■ 第3章 実験支援のためのインフォマティクス

1 ヒトゲノム解読と配列アノテーション
伊藤武彦 服部正平
1.遺伝子を見つける 2.手もちの遺伝子や配列データを染色体中に位置づける 3.繰り返し配列情報の取得 4.CpGアイランドおよびtRNA構造の探索

2 cDNA解析データとアノテーション
鈴木 穣 磯貝隆夫 菅野純夫

1.cDNA塩基配列情報の収集とデータ管理 2.cDNA配列のアノテーション

3 プロテオーム解析を支援するインフォマティクス
高橋勝利

1.タンパク質の分離・定量とインフォマティクス 2.タンパク質同定とインフォマティクス 3.タンパク質発現量のプロファイリング 4.プロテオームデータベース

4 生体分子間相互作用データの収集と情報解析
坂本 健

1.分子間相互作用データベース概観 2.酵母におけるタンパク質・タンパク質相互作用解析 3.ウイルス,病原性微生物のタンパク質間相互作用解析 4.ヒトのタンパク質間相互作用解析 5.その他の相互作用データベース

5 ヒトゲノム配列へのヒトESTの写像
森下真一 本蔵俊彦 小笠原 準

1.ヒトゲノム配列へのEST写像 2.写像のメリット 3.写像するソフトウエア

6 感受性遺伝子の同定とバイオインフォマティクス
三浦雄治 武田徹哉 青島 健 江口至洋

1.サンプル数の問題 2.遺伝子研究情報の管理 3.DNA多型のタイピング 4.遺伝統計学的解析

■ 第4章 インフォマティクスを利用したゲノム医科学

1 多因子疾患の遺伝子検索
渡邊 武 谷上 信
1.quantitative traits loci(QTL)解析 2.コンジェニック系統の作製 3.責任遺伝子の同定 4.ゲノムリソースの整備

2 疾患遺伝子変異データベース
蓑島伸生 清水信義

1.OMIM 2.Mutation View 3.KMDB(Keio Mutation Data Base) 4.HGMD 5.HUGO-MDI

3 マイクロアレイの情報解析
堤 修一 加納 真 油谷浩幸

1.マイクロアレイ実験 2.データの標準化 3.情報処理 4.癌の診断および分類への応用

4 ゲノムワイドなヒト疾患解析とバイオインフォマティクス
田宮 元 藤本 慶 猪子英俊

1.ハードウェアの整備 2.ソフトウェアの問題 3.プログラミング言語の修得 4.生乾き系の整備 5.ゲノムワイドな疾患遺伝子検索

5 プロテオーム解析と疾患解析
戸田年総

1.プロテオーム解析とは何か 2.プロテオーム解析の方法論 3.プロテオームインフォマティクス 4.疾患のプロテオーム解析

■ 第5章 インフォマティクスと創薬

1 配列データからの創薬ターゲットの探索
宮嶋伸行
1.配列データからの創薬ターゲット探索 2.セレラ社のゲノムデータ 3.今後の創薬ターゲット探索

2 遺伝子発現情報からの創薬ターゲット探索
河合隆利

1.GeneChipのデータ解析 2.精神分裂病ターゲット分子探索への応用 3.抗癌剤のパーソナライズド創薬への展開

3 プロテオーム情報からの創薬
西村俊秀 荻原 淳 藤田芳司

1.プロテオーム解析およびプロテオミクス 2.創薬プロセスにおけるプロテオーム解析 3.プロテオーム情報とインフォマティクス

4 タンパク質立体構造の自動モデリング
梅山秀明 岩舘満雄

1.ホモロジーモデリング概要 2.FAMSの手法

5 創薬に向けたパスウェイ解析
五斗 進 金久 實

1.パスウェイデータベースの現状 2.創薬に向けたパスウェイ解析

■ 索引


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