バイオウェブ


実験医学増刊 Vol.29 No.15 2011

使えるデータベース・ウェブツール
日本発のデータベース戦略から,ゲノム・疾患情報の有効活用まで

 出版社  羊土社

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■ 第1章 データベースはどのように変化していくのか─データベースの最前線

●概論 新たな段階に突入したわが国のデータベース─バイオサイエンスデータベースセンターの設立とこれからの課題
【高木利久】

  1. KEGGデータベースとゲノムネット
    【五斗 進】

  2. DDBJの現在:継承と変革
    【中村保一/小笠原理/神沼英里/菅原秀明/高木利久/大久保公策】

  3. 仮想ラボセンターSciNetSの活用と未来:創資源と知識薬の開発に向けて
    【蒔田由布子/豊田哲郎】

  4. NBRPデータベースの現状と将来展望
    【山崎由紀子】

  5. 欧米におけるバイオデータベースの整備・利活用の動向
    【福士珠美/川口 哲/山本雄士】

  6. MEDALS:経済産業省ライフサイエンスデータベース・解析ツールのポータルサイト
    【村上勝彦/今西 規】
■ 第2章 生物医学研究に役立つデータベースとリソース

●概論 次世代シークエンスデータの解析の実際─エキソーム,ChIP-Seq,RNA-Seqを中心にして
【鈴木 穣】

  1. 次世代シークエンサー時代のゲノムブラウザとSRAs
    【神田将和】

  2. 転写制御解析のために有用な公共データベースとツールの紹介
    【田中義章/山下理宇】

  3. タンパク質の構造・機能ドメイン,相互作用データベース
    【崎山則征/富井健太郎/ポールホートン】

  4. 遺伝子発現データベースの利用と応用の最前線
    【大林 武】

  5. タンパク質の立体構造データベース
    【金城 玲】

  6. パスウェイデータベースの選び方と使い方
    【小寺正明】

  7. 学術文献データベース活用術
    【山本泰智】

  8. 糖鎖科学データベースの現状
    【鹿内俊秀/成松 久】

  9. メタボロームデータベース:多様な研究への対応とデータの共有化
    【金谷重彦/平井 晶/旭 弘子/高橋弘喜/中村建介/Md. Altaf-Ul-Amin/二瓶義人/池田 奨/尾嶌雄也/西岡孝明】

■ 第3章 疾患・臨床情報リソース

●概論 全ゲノム多様性とゲノムワイド関連解析の歴史,現在,未来
【角田達彦】

  1. 疾患症状データベース
    【大坪正史/清水信義/蓑島伸生】

  2. 疾患メカニズムに挑むゲノムデータベース
    【平川美夏】

  3. ゲノムワイド関連解析データベースとデータ共有
    【小池麻子/徳永勝士】

  4. 医療情報の統合に向けた臨床情報データベースの構築
    【山本景一/松田文彦】
■ 第4章 最新解析手法とウェブツール・ソフトウェア

●概論 バイオインフォマティクスのソフトウェアとサービスにおける標準化
【片山俊明】

  1. 解析プラットフォーム紹介
    【中尾光輝/藤澤貴智】

  2. 第二世代アセンブラの選び方と使い方
    【中村昇太】

  3. ゲノムマッピングとビューワ─研究目的に応じたマッピングツールの選択と評価
    【八谷剛史】

  4. DDBJの塩基配列解析ツールと登録システム
    【長崎英樹/神沼英里】

  5. 最尤法による分子系統解析の実際
    【田村浩一郎】

  6. 創薬標的タンパク質解析と医薬品探索
    【広川貴次】

  7. 文献管理・文献推薦
    【岩崎 渉/山本泰智/高木利久】

  8. 二次構造に基づくRNA配列解析ソフトウェアの進展
    【加藤有己】

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