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実験医学別冊 Experimental Medicine |
| 型で実践する生物画像解析 ImageJ・Python・napari |
◆ 出版社 ◆ 羊土社 〒101-0052 東京都千代田区神田小川町2-5-1 TEL 03-5282-1211 FAX 03-5282-1212 URL https://www.yodosha.co.jp/ |
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三浦耕太，塚田祐基／編
| ■ 本書のねらい |
【三浦耕太，塚田祐基】
| ■ 執筆者一覧 |
| ■ データ，コード等のダウンロードについて |
| ■ 基礎編 |
- 序論 ―生物画像解析の枠組みを理解する
【三浦耕太】
- Jythonの基礎知識と書き方
【三浦耕太】
- napariの基礎知識と書き方
【黄 承宇】
- Google Colaboratoryの利用法 ―クラウドPythonプログラミング
【戸田陽介】
| ■ 実践編 |
- 核膜に移行するタンパク質の動態の測定
【三浦耕太】
ImageJ/Fiji Jython MorphoLibJ 分節化 輝度測定 連結成分分析 多チャネル 時系列
- 電子顕微鏡画像のミトコンドリア分節化と形状のクラスタリング解析
【河合宏紀】
Python napari PHILOW 深層学習 分節化 形状解析 ３次元
- 腫瘍血管における3次元管状構造ネットワークの分析
【三浦耕太】
ImageJ/Fiji Jython Ops MorphoLibJ AnalyzeSkeleton ネットワーク構造解析 骨格化 ３次元
- 細胞移動を定量するための粒子追跡（トラッキング）
【塚田祐基】
ImageJ/Fiji Jython TrackMate StarDist 機械学習 粒子追跡 時系列
- 細胞周期の蛍光プローブFucciの時系列データ解析
【平塚 徹】
ImageJ/Fiji Jython TrackMate 粒子追跡 輝度測定 多チャネル 時系列
- 甲殻類モデル生物Parhyale hawaiensisの脚再生過程の細胞動態解析
【菅原 皓】
ImageJ/Fiji Mastodon ELEPHANT BigDataViewer 深層学習 細胞追跡 輝度測定 ３次元 時系列 大規模データ
- イネのデジタルカメラ画像によるバイオマス推定
【戸田陽介】
Python 深層学習 画像認識 RGB 画像
| ■ 論文投稿編 |
- 画像解析の再現性チェックリストとGitHubの活用
【三浦耕太】
- 画像データリポジトリとデータベース ーそのしくみと活用法
【遠里由佳子，京田耕司，大浪修一】
| ■ 発展編 |
- Micro-Managerによる顕微鏡制御
【土田マーク彰，塚田祐基】
- イメージングデータの次世代ファイルフォーマット
【京田耕司，大浪修一】
- 生物画像解析の専門家ネットワークとGloBIAS
【三浦耕太】
| ■ 付録 |
- 分節化のための機械学習ツールのリスト
【塚田祐基，黄 承宇，平塚 徹，菅原 皓，戸田陽介，河合宏紀，遠里由佳子，京田耕司，三浦耕太】
- 英日対訳表
| ■ 索引 |
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