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実験医学別冊 Experimental Medicine |
| 誰でも再現できる NGS「前」サンプル調製プロトコール 生物種別DNA、RNA、クロマチン、シングルセル調製の極意 |
◆ 出版社 ◆ 羊土社 〒101-0052 東京都千代田区神田小川町2-5-1 TEL 03-5282-1211 FAX 03-5282-1212 URL https://www.yodosha.co.jp/ |
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鹿島 誠，伊藤 佑，尾崎 遼／編
| ■ 序 |
【鹿島 誠】
| ■ 執筆者一覧 |
| ■ 第1章 NGS解析の全体像 |
- RNA-Seq概論
【鹿島 誠】
- DNAシークエンス技術の進化と現在地
【河野暢明】
- エピジェネティクスとエピゲノム
【伊藤 佑】
- シングルセル解析
【安水良明】
- 水圏における環境DNA分析
【潮 雅之，辻 冴月】
| ■ 第2章 実験をはじめる前に検討すること |
- NGSを使った研究のはじめ方
【鹿島 誠，小俣和輝，加藤尚志】
どこまで相談するか？
- NGSデータ解析の共同研究や相談の際のTips
【尾崎 遼】
- メタゲノム解析をはじめる前に
【東 光一，黒川真臣，森 宙史】
- シングルセル・トランスクリプトーム解析
【芳村美佳，二階堂 愛】
バイオインフォ技術員から見た共同研究の進めかた
- 最先端シークエンサーのWet実験で知っておくべきこと
【藤江 学】
| ■ 第3章 DNA調製プロトコール |
- バクテリア
【河野暢明】
バクテリアからの一般的なゲノムDNA調製
- 酵母
【阿部文快】
スフェロプラスト化による高純度DNAの抽出
- マウス
【山口新平】
組織からのDNA抽出法
- ゼブラフィッシュ
【貞光謙一郎，鹿島 誠，平田晋三】
- ショウジョウバエ
【布施直之】
成虫と幼虫からのDNA抽出
- 線虫
【菊地泰生】
- プラナリア
【熊谷信是，鹿島 誠】
長鎖ゲノム抽出法
- アリ
【岩井碩慶，河野暢明】
節足動物を対象としたDNA調製
- シロイヌナズナ
【伊藤 佑】
- イネ
【千装公樹，本田爽太郎，安達俊輔】
ショートリードシークエンスのためのDNA抽出
- コムギ
【岡田萌子】
- ヒメツリガネゴケ
【友井拓実】
- 根圏微生物相
【下野綾子】
根からのDNA抽出
- 水圏の環境DNA
【潮 雅之，辻 冴月】
分析のための採水・濾過・DNA抽出
| ■ 第4章 ChIP用調製プロトコール |
- 植物組織（1）
【稲垣宗一】
簡便・高効率なクロマチン抽出を行えるeChIP法
- 植物組織（2）
【池田陽子，植村美代子，森 泉】
ChIP-Seqとその応用編（カキ）
| ■ 第5章 RNA調製プロトコール |
- 酵母
【阿部文快】
ホットフェノール法によるtotalRNAの抽出
- マウス
【武智真里奈，山口新平】
組織からのRNA抽出法
- ゼブラフィッシュ
【氏部浩太，鹿島 誠，平田晋三】
- ツメガエル大腿骨
【伊東正剛，小俣和輝，鹿島 誠，加藤尚志】
- ツメガエル血球
【小俣和輝，塩川雅貴，加藤尚志】
採血と遺伝子抽出
- カエル臓器全般
【井川 武，林 舜，小俣和輝，越智陽城，小川斐女，鈴木 誠，鈴木菜花，加藤尚志，荻野 肇】
- ショウジョウバエ
【布施直之】
- 線虫
【菊地泰生】
- ニワトリ胚
【小野沙桃実，河西 通】
- 刺胞動物
【小林千余子】
- マツノザイセンチュウ
【田中 克】
簡便なRNA抽出法
- シロイヌナズナ
【爲重才覚】
茎頂からのRNA抽出
- イネ
【橋田庸一】
デンプンの多いサンプル
- ヒメツリガネゴケ
【友井拓実】
- オオムギ
【井藤 純，辻 寛之】
- 樹木葉・枝
【萩原幹花，栗田悠子】
- コンニャク
【橋田庸一】
水溶性多糖類の多いサンプル
- piRNA
【山田紘実，岩崎由香】
配列解析にむけた精製
- イネ生殖組織のsmallRNA
【小宮怜奈】
RNA-IPを用いたsmallRNAトランスクリプトーム
| ■ 第6章 シングルセル調製プロトコール |
- マウス脳
【武智真里奈，山口新平】
シングルセル解析のための細胞回収
- 植物核抽出
【石 東博】
セルソーターによるシングル核解析に適した抽出
- ゼブラフィッシュ
【田崎純一，劉 舒捷】
シングルセル解析に向けた胚の分散
- メダカリンパ球
【岩波礼将，坂口ひより】
セルソーティングによる調製
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