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実験医学別冊 Experimental Medicine |
| 実験デザインからわかる シングルセル研究実践テキスト シングルセルRNA-Seqの予備検討から解析のコツ、結果の検証まで成功に近づく道をエキスパートが指南 |
◆ 出版社 ◆ 羊土社 〒101-0052 東京都千代田区神田小川町2-5-1 TEL 03-5282-1211 FAX 03-5282-1212 URL https://www.yodosha.co.jp/ |
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|---|---|---|---|---|---|
大倉永也，渡辺 亮，鈴木 穣／編
| ■ 序 |
| ■ 執筆者一覧 |
| ■ 本書の使い方 |
| ■ 第1章 シングルセル解析をはじめる前に考えること |
【大倉永也】
| ■ 第2章 シングルセル解析実施前の予備検討：バルクRNA-Seq |
【関 真秀，鈴木 穣】
| ■ 第3章 公共データベースを用いた検討 |
【森本玲生，安水良明，大倉永也】
| ■ 第4章 シングルセル実験デザイン |
- 多種多様な細胞群を対象とした実験デザイン
【金井昭教，鈴木 穣】
- シングルセル解析における実験デザイン
【安水良明，大倉永也】
| ■ 第5章 サンプル調製 |
- サンプル調製で求められること
【小熊 陽，堀尾侑加，渡辺 亮】
- 組織からのサンプル調製の実例
【冨樫庸介，山下和男】
- 臨床検体からのscRNA-Seqサンプル調製の実例
【赤嶺綸子，森田 元，村上晃規，吉富啓之，上野英樹】
| ■ 第6章 実験の基本フロー |
- シングルセルプラットフォーム選択の指標
【大倉永也】
- 10x Chromiumによるシングルセル解析
【内藤陽子，元岡大祐】
- nanowell方式のscRNA-Seq解析プラットフォーム
【七野成之】
- プレート型scRNA-Seqの特徴と実践
【林 哲太郎，二階堂 愛】
- 1細胞核内情報解析のコツsnRNA-SeqとsnATAC-Seq
【渡辺 亮，寺中 香】
| ■ 第7章 データ解析の基本フロー |
- Seuratによるシングルセル解析
【水野裕介，関 真秀，鈴木 穣】
- Scanpyを用いたシングルセル解析のはじめ方と実践
【萩原 柾，大倉永也】
- Cell Ranger解析ソフトウェア
【元岡大祐，田中健太郎】
- SeqGeqを用いたシングルセルRNA-Seq解析
【塩出悠登，小玉尚宏】
| ■ 第8章 シングルセル転写開始点・エンハンサー解析 |
【関戸 翔，小口綾貴子，孫 楽，村川泰裕】
| ■ 第9章 複数のシングルセルデータの統合 |
【芳賀泰彦，鈴木絢子，鈴木 穣】
| ■ 第10章 二次解析，グラフィカルな表現法，共有 |
- RNA velocityによる遺伝子発現ダイナミクスの解析
【小嶋泰弘，島村徹平】
- 自動細胞型アノテーションと細胞間相互作用解析
【早川慶紀，尾崎 遼】
- シングルセルレパトア解析の現状
【七野成之，上羽悟史】
- CellOracleによる細胞のゆらぎの表現
【神元健児】
| ■ 第11章 CELLxGENEによるインタラクティブなデータ共有 |
【安水良明，大倉永也】
| ■ 第12章 解析結果の検証，解釈 |
- マルチオミクスを用いたヒト心臓の細胞微小環境の解析
【金丸和正】
- 三次元オルガノイドモデルアクシオロイドの特性評価
【辻村太郎，山本拓也】
- 公開データからの乳腺上皮細胞アトラス構築
【佐伯亘平，河本樹希，吉竹涼平】
- 循環器疾患におけるシングルセル解析研究の実際
【野村征太郎】
| ■ 第13章 受託解析を利用したシングルセル解析のすすめ |
【中村やまみ，大倉永也】
| ■ 第14章 データ共有，代表的なポータルの紹介 |
【鹿島幸恵，鈴木 穣】
| ■ 座談会 エキスパートが語るシングルセル研究のリアル |
| ■ 索引 |
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