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実験医学別冊 Experimental Medicine |
| 改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ ヒトから非モデル生物まで 公共データの活用も充実 |
◆ 出版社 ◆ 羊土社 〒101-0052 東京都千代田区神田小川町2-5-1 TEL 03-5282-1211 FAX 03-5282-1212 URL https://www.yodosha.co.jp/ |
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坊農秀雅／編
| ■ 改訂の序（本書の改訂方針） |
| ■ 序（本書の編集方針） |
| ■ 著者一覧 |
| ■ Annual UpdateとWeb Supplementについて |
| ■ Chapter1 まずはこれだけ！ 解析環境を整える |
【坊農秀雅】
| ■ Chapter2 データを入手する |
（1）RNA-Seqの注意点 ～外注時のリード数，小分子・長分子での違いなど
【木本 舞，岡田 宰】［COLUMN］RNA-Seq vs マイクロアレイ
【石井善幸】（2）公共データの利用 ～SRA からのデータ取得
【坊農秀雅】
| ■ Chapter3 転写産物の発現を定量する |
（1）リファレンスゲノムにマッピングする方法（1） ～HISAT2 + StringTie
【飯田渓太，粕川雄也】（2）リファレンスゲノムにマッピングする方法（2） ～STAR + RSEM
【上樂明也】（3）リファレンスゲノムにマッピングしない方法 ～salmon，kallisto，tximport
【露﨑弘毅】［COLUMN］RNA-Seq 定量にまつわるFAQ
【露﨑弘毅】（4）転写開始点を解析する方法 ～CAGE
【森岡勝樹】［COLUMN］各種ツールの実行時間比較
【丹下正一朗】
| ■ Chapter4 リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う ～アセンブリからアノテーションまで |
【横井 翔】
［COLUMN］非モデル生物における機能アノテーション
【野津 了，坊農秀雅】
| ■ Chapter5 発現変動遺伝子群を検出する |
【門田幸二】
| ■ Chapter6 サンプル間で発現変動した遺伝子群の機能を推定する ～エンリッチメント解析 |
【田村啓太】
［COLUMN］シングルセルクラスターの生物学的意義をGUI で解釈する ～QIAGEN Ingenuity Pathways Analysis
【執筆／Stuart Tugendreich，Jean-Noel Billaud，訳／國田竜太】［COLUMN］アノテーション情報とID変換 ～Gene Ontology，BioMart，Spotfire
【坊農秀雅】
| ■ Chapter7 サンプル間の類似度を比較する |
（1）階層クラスタリング
【横井 翔，坊農秀雅】（2）主成分分析（PCA）
【和泉隆誠，横井 翔】［COLUMN］バルク解析とシングルセル解析
【中山 淳，山本雄介】
| ■ Chapter8 公共データから興味あるデータを抽出，発現変動遺伝子群を検出する（メタ解析） |
（1）ikra を使ったヒトやマウスのRNA-Seq データメタ解析
【鈴木貴之，坊農秀雅】（2）非モデル生物の生物種間比較によるトランスクリプトームのメタ解析
【栂 浩平】［COLUMN］ビブリオームを活用したマルチオミックス解析
【小野擁子】
| ■ Chapter9 リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う ～iDEP - ノーコードでRNA-Seq下流解析 |
【安水良明】
［COLUMN］RNA-Seq でのリード数はどれぐらい？
【坊農秀雅】
| ■ Chapter10 論文投稿に必須！データを登録・公開する ～DRA，DDBJ，GEA |
【児玉悠一】
［COLUMN］解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう
【坊農秀雅】
| ■ 索引 |
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