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実験医学別冊 Experimental Medicine |
| 空間オミクス解析 スタートアップ実践ガイド 最新機器の特徴と目的に合った選び方、データ解析と応用例を学び、シングルセル解析の一歩その先へ！ |
◆ 出版社 ◆ 羊土社 〒101-0052 東京都千代田区神田小川町2-5-1 TEL 03-5282-1211 FAX 03-5282-1212 URL https://www.yodosha.co.jp/ |
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鈴木 穣／編
| ■ 序―配列からバイオロジーへ |
【鈴木 穣】
| ■ 空間オミクス解析への期待 |
【神原秀記】
| ■ “使う”時代がやってきた |
【菅野純夫】
| ■ 概論 空間オミクス解析の技術レビューと機器・データ解析ツール選択ガイド |
【鹿島幸恵，鈴木 穣】
| ■ 実践編 |
第1章 技術とプロトコール
- 空間トランスクリプトーム Visiumによる新鮮凍結／FFPE組織検体の解析
【森 裕太郎，山本雄介，吉田康将，岡本康司】
- 空間トランスクリプトーム Visium のデータ解析ツール
【永澤 慧，金井昭教，鈴木 穣】
- 空間トランスクリプトーム ロングリードシークエンスを用いたscRNA-seqおよびVisiumの全長cDNA解析
【藤井元人，鈴木絢子，水野裕介，関 真秀，鈴木 穣】
- 空間トランスクリプトーム 深層学習を活用したVisium測定結果の超解像度化
【門城 拓，小井土 大，鎌谷洋一郎】
- 空間トランスクリプトーム Xenium In Situ
【大西雅也，鈴木 穣】
- 空間トランスクリプトーム HybISS（Hybridization-based in situ sequencing）
【砂留一範，山本拓也】
- 空間トランスクリプトーム Stereo-Seq（STOmics）
【金井昭教，鈴木 穣】
column ROI組織パンチングによる空間的遺伝子発現解析
【松永浩子，細川正人，竹山春子】
column セミバルクRNA-seq
【関 真秀，永澤 慧，鈴木絢子，鈴木 穣】
- 空間プロテオーム Hyperion Imaging Systemを用いた多重イメージングマスサイトメトリー
【小亀敏明，平田勝啓，南 風花，椛島健治】
- 空間プロテオーム PhenoCyclerを用いた多重蛍光免疫染色
【善光純子，永澤 慧，鈴木絢子，鈴木 穣】
- 空間プロテオーム（空間トランスクリプトームも可能） GeoMxを用いたがん組織のマルチタンパク質発現解析
【谷口智憲】
- 空間メタボローム メタボロームと時空間オミクスの融合とイメージングマス
【加藤美樹，菅谷麻希，大澤 毅】
第2章 データベース
- バイオイメージングデータベースの現状と展望
【京田耕司，大浪修一】
- 遺伝子発現データベースを活用した空間・発生解析
【森 智弥，藤渕 航】
| ■ 応用研究編 |
第1章 発展的空間オミクス解析
- 空間オミクス解析を補う1細胞トランスクリプトーム技術の最前線
【二階堂 愛】
- 空間トランスクリプトームと1細胞トランスクリプトームの統合解析
【飯田渓太，岡田眞里子】
- 空間トランスクリプトームに基づく細胞間相互作用ネットワークの解析技術
【小嶋泰弘，島村徹平】
- セルオミクスによる臓器・全身の空間コンテキスト解析
【洲﨑悦生】
- イメージングによるオミクス状態の推定
【岡田康志】
第2章 活用例と展望
- 免疫研究と空間オミクス解析
【鹿島幸恵，鈴木 穣】
- 空間トランスクリプトームを用いた感染症研究の芽生え
【猪原史成，山本雅裕】
- 心臓血管疾患と空間オミクス解析
【野村征太郎】
- がん免疫研究におけるシングル細胞解析と空間解析への展開
【鈴木利宙，中面哲也，関 真秀，鈴木 穣】
- 精神医学研究におけるゲノム解析と空間トランスクリプトームの現状
【森 大輔，有岡祐子，久島 周，奥村啓樹，尾崎紀夫】
| ■ 索引 |
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