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実験医学別冊　Experimental Medicine

メタゲノムデータ解析 16Sも!　ショットガンも!　ロングリードも!　菌叢解析が得意になる凄技レシピ				◆　出版社　◆　羊土社 〒101-0052 東京都千代田区神田小川町2-5-1 TEL 03-5282-1211 FAX 03-5282-1212 URL https://www.yodosha.co.jp/

坊農秀雅／編

■　序文

■　著者一覧

■　Annual Updateについて

■　Chapter1　メタゲノムデータ解析に必要なコンピュータリテラシー

1. Anaconda仮想環境とDocker
   【坊農秀雅】
   
   
2. データ解析インフラ
   【久保竜一】
   

■　Chapter2　細菌叢の組成を調べる ─16Sアンプリコン解析

1. Short read
   （1）QIIME 2
   【志波 優】
   （2）VITCOMIC2，LEA
   【森 宙史】
   
2. Long read
   （1）GenomeSync + GSTK法
   【KRYUKOV, Kirill，中川 草，松尾禎之，廣田喜一，今西 規】
   （2）NanoGalaxy
   【大石直哉】
   

• ［COLUMN］DIYメタゲノム解析
  【大石直哉】

■　Chapter3　細菌叢の機能にまでふみこむ ─ショットガン解析

1. メタゲノムアセンブリと系統解析 PhyloPhlAn3 + GraPhlAn
   【上坂一馬】
   
   
2. アノテーション DFAST
   【谷澤靖洋】
   

• ［COLUMN］マイクロバイオームヘルスケア，はじめないか
  【坪井千明】

■　Chapter4　解析したデータを共有・利用する

1. 国際塩基配列データベースへの登録 メタゲノムアセンブリ，DRA，DDBJ
   【大城戸利久，福田亜沙美】
   
   
2. figshare，生命科学系データベースアーカイブを使ったデータ共有
   【横井 翔】
   
   
3. 横断的に検索できる微生物統合データベース MicrobeDB.jp
   【伊藤光平】
   

■　索引

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