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実験医学別冊 Experimental Medicine
メタゲノムデータ解析
16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ
 出版社  羊土社

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坊農秀雅/編

■ 序文

■ 著者一覧

■ Annual Updateについて

■ Chapter1 メタゲノムデータ解析に必要なコンピュータリテラシー
  1. Anaconda仮想環境とDocker
    【坊農秀雅】

  2. データ解析インフラ
    【久保竜一】
■ Chapter2 細菌叢の組成を調べる ─16Sアンプリコン解析
  1. Short read
    (1)QIIME 2

    【志波 優】
    (2)VITCOMIC2,LEA
    【森 宙史】
  2. Long read
    (1)GenomeSync + GSTK法

    【KRYUKOV, Kirill,中川 草,松尾禎之,廣田喜一,今西 規】
    (2)NanoGalaxy
    【大石直哉】
  • [COLUMN]DIYメタゲノム解析
    【大石直哉】
■ Chapter3 細菌叢の機能にまでふみこむ ─ショットガン解析
  1. メタゲノムアセンブリと系統解析 PhyloPhlAn3 + GraPhlAn
    【上坂一馬】

  2. アノテーション DFAST
    【谷澤靖洋】
  • [COLUMN]マイクロバイオームヘルスケア,はじめないか
    【坪井千明】
■ Chapter4 解析したデータを共有・利用する
  1. 国際塩基配列データベースへの登録 メタゲノムアセンブリ,DRA,DDBJ
    【大城戸利久,福田亜沙美】

  2. figshare,生命科学系データベースアーカイブを使ったデータ共有
    【横井 翔】

  3. 横断的に検索できる微生物統合データベース MicrobeDB.jp
    【伊藤光平】
■ 索引


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