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実験医学別冊 Experimental Medicine |
| RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ |
◆ 出版社 ◆ 羊土社 〒101-0052 東京都千代田区神田小川町2-5-1 TEL 03-5282-1211 FAX 03-5282-1212 URL https://www.yodosha.co.jp/ |
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|---|---|---|---|---|---|
坊農秀雅／編
| ■ 序文（本書の編集方針） |
| ■ Annual UpdateとWeb Supplementについて |
| ■ Chapter1 まずはこれだけ！解析環境を整える～Mac＋Biocondaを中心に |
【安水良明】
| ■ Chapter2 データを入手する |
（1）RNA-Seqの注意点～外注時のリード数，小分子・長分子での違いなど
【木本舞】
COLUMN RNA-Seq vs マイクロアレイ
【石井善幸】
（2）公共データの利用～AOEとRefEx，SRAデータ取得，メタ解析
【坊農秀雅】
| ■ Chapter3 転写産物の発現を定量する |
（1）リファレンスゲノムにマッピングする方法①～HISAT2 + StringTie
【安藤美波，粕川雄也】
（2）リファレンスゲノムにマッピングする方法②～STAR + RSEM
【上樂明也】
COLUMN Strand NGS～RNA-SeqデータをGUIで解析する
【田中英夫】
（3）リファレンスゲノムにマッピングしない方法～salmon，kallisto，tximport & RNA-Seq定量にまつわるFAQ
【露﨑弘毅】
（4）転写開始点を解析する方法～CAGE
【森岡勝樹】
COLUMN 各種ツールの実行時間比較
【丹下正一朗】
| ■ Chapter4 リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う |
【横井翔】
| ■ Chapter5 発現変動遺伝子群を検出する |
【門田幸二】
| ■ Chapter6 サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する～エンリッチメント解析 |
【仲里猛留】
COLUMN Ingenuity Pathway Analysis～発現プロファイルの生物学的意義をGUIで解析する
【執筆／Stuart Tugendreich，Jean-Noel Billaud，訳／國田竜太】
COLUMN アノテーション情報とID変換～Gene Ontology，BioMart，Spotfire
【坊農秀雅】
| ■ Chapter7 多数のサンプル間の類似度を比較する～1細胞RNA-Seqの場合 |
（1）次元削減と可視化
【佐藤建太，二階堂愛】
（2）類似度の計算とクラスタリング
【佐藤建太，二階堂愛】
COLUMN 1細胞RNA-Seq解析の動向
【佐藤建太，二階堂愛】
| ■ Chapter8 リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う～iDEP |
【上坂一馬】
| ■ Chapter9 論文投稿に必須！データを登録・公開する～DRA，GEA |
【児玉悠一】
COLUMN 解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう
【坊農秀雅】
| ■ 索引 |
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