 |
実験医学別冊 Experimental Medicine |
| NGSアプリケーション RNA-Seq実験ハンドブック 発現解析からncRNA、シングルセルまであらゆる局面を網羅！ |
◆ 出版社 ◆ 羊土社 〒101-0052 東京都千代田区神田小川町2-5-1 TEL 03-5282-1211 FAX 03-5282-1212 URL https://www.yodosha.co.jp/ |
||||
|---|---|---|---|---|---|
鈴木 穣／編
序
【鈴木 穣】
概論:RNA-Seqとは何か? 何ができるのか?
【今村聖実、鈴木絢子】
| 第1章 RNA-Seqの基本 試料調製と発現解析の標準的なプロトコール |
- Total RNAの抽出
【関 真秀、今村聖実】
- RNAとライブラリーの定量とクオリティコントロール
【関 真秀、今村聖実】
- Stranded mRNA-Seq
【金井昭教】
- RNA-Seqデータのマッピング 遺伝子発現解析を例に
【前川 翔、鈴木絢子】
- miRNAを標的としたRNA-Seq RNA免疫沈降法を中心に
【兼松宗太郎】
- 細胞画分からのRNA-Seq 目的に応じたRNAを解析するために
【谷本幸介】
- 組織サンプルの固定とRNA抽出
【山下 聡】
- ヒト血液検体のトランスクリプトーム解析 ゲノムコホートにおける前処理・輸送・抽出を例に
【大桃秀樹、古川亮平、清水厚志】
- 微量サンプルからのRNA-Seq
【関 真秀】
- RNA-Seq用途別シークエンサーの選び方
【近藤直人】
| 第2章 発展的手法 発現解析以外の発展的手法およびシングルセル解析 |
- CAGE法を用いた転写制御領域の解析
【村田光義、末木広美、石山美樹、吉原正仁、伊藤昌可】
- 転写開始点データベースDBTSSによる転写制御解析
【山下理宇】
- RNA-SeqによるA-to-I RNA編集の検出
【ガリポン ジョゼフィーヌ(Josephine Galipon)、石黒 宗、冨田 勝、程 久美子】
- 3'-seqによる選択的ポリアデニル化の網羅的な解析
【今町直登、秋光信佳】
- リボソームプロファイリングによる細胞内翻訳反応評価
【秋光信佳】
- RNAの合成・分解を定量するシークエンス技術
【前川 翔、鈴木 穣】
- BRIC-Seqによる網羅的なRNA分解速度測定法
【秋光信佳】
- CLIP法とその改良法によるタンパク質結合RNAの高解像度解析
【河原行郎】
- シングルセル(1):機器・方法編 C1以外で世界的に開発されている機器・方法について
【橋本真一】
- シングルセル(2):試薬・キット編 改変型SMART-Seq2プロトコールを交えて
【奥野浩行】
- シングルセル(3):C1システムのプロトコールと実施例
【鈴木絢子】
- 超並列レポーターアッセイによる転写制御解析
【入江拓磨】
| 第3章 応用例 |
- 細菌叢研究におけるRNA-Seq メタトランスクリプトームによる菌種・機能の解析
【恒吉桃香、十倉充範、大島健志朗、須田 亙】
- 免疫研究におけるRNA-Seq システム免疫学へのアプローチ
【三野享史、竹内 理】
- がん研究におけるRNA-Seq がんのシステム異常を情報学的に俯瞰する
【白石友一、新井田厚司、宮野 悟】
- 神経研究におけるRNA-Seq シングルセルRNA-Seqによる新たな細胞種の発見を例に
【岸 雄介】
- 遺伝性疾患研究におけるRNA-Seq 先天異常症候群における遺伝子発現異常を例に
【泉 幸佑】
- 感染症研究におけるRNA-Seq マラリアの宿主–病原体相互作用を例に
【山岸潤也】
| 第4章 新技術 |
- 多様なトランスクリプトーム解析技術
【鈴木絢子】
- PacBio1分子実時間シーケンシング ゲノム,トランスクリプトーム,エピゲノム解析への応用
【森下真一】
- ナノポアシークエンサーMinION 超小型装置によるRNA解析
【鈴木絢子、Lucky Runtuwene、阿部佳澄、鈴木 穣】
| 第5章 インフォマティクスとデータベース |
- マイクロRNA研究を加速するデータベース
【木立尚孝】
- RNA2次構造とRNA間相互作用の予測
【浅井 潔】
- ヒトのオミクス情報を扱うデータベース トランスクリプトームデータベースGTExと東北メディカル・メガバンク事業を例に
【山下理宇】
- FANTOM/ENCODEに関するデータベース・ウェブツール 大規模プロジェクトのデータを利用する
【野口修平、粕川雄也、Piero Carninci】
| Column |
- RNA-SeqのためのR教育の現状と課題
【門田幸二】
- 頭の痛いノンコーディングRNA
【菅野純夫】
- RNA-Seqはこうして誕生したーそしてデータ再利用へ
【坊農秀雅】
- NGSデータ解析者の苦悩とその解決策
【八谷剛史、清水厚志】
| 索引 |
![[バイオウェブ - HOME]](../../../images/home01.gif)