---

実験医学別冊　Experimental Medicine

次世代シークエンス解析スタンダード NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY				◆　出版社　◆　羊土社 〒101-0052 東京都千代田区神田小川町2-5-1 TEL 03-5282-1211 FAX 03-5282-1212 URL https://www.yodosha.co.jp/

二階堂　愛／編

I　基礎編

1. NGSのアプリケーションと今後の展望
   【渡辺　亮／野宮　唯／北岡文美代／中村正裕】
   
   
2. NGSの試薬選択ガイド
   【渡辺　亮／田中　梓／北野優子／桑原順子】
   
   
3. 現行機種の長所・短所とその選択
   【中村昇太】
   
   
4. NGS解析の要　品質管理の重要性と方法
   【樽井　寛】
   
   
5. NGSデータ解析に必要なコンピューティングの基礎
   【二階堂 愛】

II　プロトコール　メディカル・クリニカルシークエンス

1. メンデル遺伝性疾患の原因遺伝子を解明する　Exome-seq
   【鶴崎美徳】
   
   
2. 遺伝子診断　ターゲットキャプチャ
   【才津浩智】
   
   
3. アンプリコンシークエンスのためのプライマーを自在に設計する
   【熊井広哉】
   
   
4. がんゲノムから後天的変異を抽出する　Genomon-exomeにおける方法論
   【白石友一／千葉健一／宮野　悟】
   
   
5. HLA遺伝子の完全配列を決定する
   【細道一善／井ノ上逸朗】
   
   
6. ヒトゲノム・オミックス情報をコホート研究に応用する
   【清水厚志／八谷剛史／田原康玄】

III　プロトコール　エピゲノム

A ChIP-seq

1. ヒストン修飾や転写因子の結合領域を同定するコツやポイント
   【門田満隆／蓑田亜希子】
   
   
2. RとBioconductorでChIP-seq データを解析する
   【二階堂 愛】
   
   
3. 高精度で結合領域を決定する　GeF-seq
   【大島　拓／石川　周／Chumsakul Onuma／中村建介】

B DNAメチル化解析

1. バイサルファイト変換で全ゲノムDNAメチル化を定量する　PBAT法
   【三浦史仁／伊藤隆司】
   
   
2. メチル化結合タンパク質でDNAメチル化領域を濃縮する　MBD-seq法
   【團野宏樹／笹川洋平／二階堂 愛】
   
   
3. メチル化感受性制限酵素を利用しメチル化領域を検出する(1)　HELPアッセイの基本と微量DNAメチル化解析を可能とするサンプル調製法
   【池田理恵子／阿部訓也】
   
   
4. メチル化感受性制限酵素を利用しメチル化領域を検出する(2)　NGSを用いたHELP-taggingの実際
   【鈴木雅子／阿部訓也】

C クロマチンアクセシビリティ解析

1. クロマチン立体構造を評価する　3C, ChIA-PET
   【井上　剛／小林美佳／和田洋一郎】
   
   
2. オープンクロマチンを同定する　FAIRE-seq
   【中村正裕／脇　裕典】

IV　プロトコール　トランスクリプトーム・転写制御

1. 急速に普及するRNA-Seqで遺伝子発現をみる
   【鈴木絢子／鈴木　穣／菅野純夫】
   
   
2. 1細胞から遺伝子発現を網羅的にみる　Quartz-Seq
   【笹川洋平／二階堂 愛】
   
   
3. CAGE法で転写制御領域を解析する　fastCAGE調製法
   【村田光義／大宮寛子／末木広美／石山美樹／長谷川 哲／Timo Lassmann／伊藤昌可】

V　プロトコール　環境・進化・生物資源

1. 難読領域を含む微生物ゲノム完全長配列をde Novoに決定する　PacBio RS IIを用いたアセンブル
   【寺林靖宣／照屋邦子／佐藤万仁】
   
   
2. 細菌種や組成を調べる　メタ16Sとメタゲノム解析
   【須田　亙／大島健志朗／服部正平】
   
   
3. 微生物コミュニティの遺伝子レパートリーを調べる　メタゲノムデータ解析
   【八谷剛史】
   
   
4. ゲノム情報のない生物種の新規ゲノム配列を決定する
   【藤江　学／山崎慎一】
   
   
5. 非モデル生物の遺伝子発現をみる　RNA-Seqとde novoゲノム
   【尾崎克久】
   
   
6. 非モデル生物のSNPを探索する　RAD-seq
   【柿岡　諒】
   
   
7. 育種へ応用する　MutMap
   【阿部　陽／高木宏樹／小杉俊一／夏目　俊／八重樫弘樹／吉田健太郎／寺内良平】

VI　プロトコール　データ解析と環境構築

1. 解析環境を導入する　スパコンの利用
   【小笠原 理】
   
   
2. LPMを用いて解析環境を構築する
   【笠原雅弘】
   
   
3. Galaxyを用いてグラフィカルに解析する　解析パイプラインによるChIP-seqとCAGEデータの利用
   【下地　寿／川路英哉】
   
   
4. DDBJ Read Annotation Pipeline　解析パイプラインによるRNA-Seq de novo assemblyとイネ多型解析
   【長崎英樹／望月孝子／谷沢靖洋／神沼英里／中村保一】
   
   
5. 変異を解析する　グラフィカルなインターフェイスを使って
   【宮本真理】
   
   
6. ゲノムブラウザを用いて可視化する(1)　UTGB Toolkitによる可視化
   【斉藤太郎】
   
   
7. ゲノムブラウザを用いて可視化する(2)　GenomeJackによる可視化
   【石川元一／野原祥夫／谷嶋成樹】
   
   
8. NGSデータを公共データベースへ登録する
   【児玉悠一／真島　淳／高木利久／中村保一】

---

BIOWEB(R)サービスに関するお問い合わせ： service@bioweb.ne.jp

---