1. ゼロから実践する 遺伝統計学セミナー
2. 数でとらえる細胞生物学
3. RAW DATA（ロー・データ）
4. バーチャルスライド 組織学
5. 忙しい人のための代謝学
ゼロから実践する 遺伝統計学セミナー
疾患とゲノムを結びつける
岡田随象／著
序
本書の使い方
第1章 ヒトゲノム入門
1．DNA，ゲノムとは何か
2．ヒトゲノム配列とその個人差
第2章 遺伝統計学の概要
1．ヒトゲノム多型を用いた疾患ゲノム解析
2．オミクス解析による疾患病態の解明
3．ゲノム解析における機械学習
4．ゲノム創薬への展望
第3章 統計学入門
1．統計学の一分野としての遺伝統計学
2．母集団と標本集団，理論分布
3．帰無仮説とp値
4．さまざまな統計検定手法
第4章 Linux入門
1．Linuxについて
2．Cygwinについて
3．Cygwinを使ったLinuxコマンド実習
第5章 プログラミング入門
1．プログラミングについて
2．プログラミング言語の比較
3．Python入門実習
4．AWK入門実習
第6章 R入門
1．統計解析に優れたプログラミング言語：R
2．数値計算，変数（ベクトル・行列）の扱い
3．Rの関数
4．if文とfor文
5．ファイルの読み書き
6．統計検定
7．グラフの描画
第7章 遺伝統計ソフトウェアPLINK
1．ヒトゲノムデータの取り扱い
2．1000 Genomes Projectデータ
3．遺伝統計解析ソフトPLINK実習
第8章 GWAS・eQTL解析実習
1．遺伝統計学における関連解析
2．PLINKを使ったGWAS
3．遺伝子発現量を対象としたeQTL解析
第9章 SNP genotype imputation
1．SNP genotype imputation
2．HLA imputation法
3．SNP2HLAを使ったHLA imputation法
第10章 適応進化の解明・選択圧解析
1．選択圧と適応進化
2．全ゲノムシークエンスに基づく適応進化の解明
3．selscanを使った選択圧解析実習
付録 データベース・ウェブツール一覧
1．ゲノム・遺伝子
2．遺伝子変異・SNP
3．GWAS・疾患感受性遺伝子
4．エピゲノム
5．創薬
索引
数でとらえる細胞生物学
舟橋 啓／翻訳，Ron Milo，Rob Phillips／著
翻訳にあたって
まえがき
推算リスト
謝辞
序章：生物における数の指針
なぜ生物を考えるうえで数に気を使う必要があるのか？
BioNumbers リソース
どのように大雑把な計算をするか？
「桁数の生物学」におけるツールキット
大雑把な計算のための厳格なルール
細胞の地理的特徴
第1章 サイズと幾何学
細胞とウイルス
ウイルスはどのくらいの大きさか？
大腸菌の大きさと質量はどのくらいか？
出芽酵母細胞はどのくらいの大きさか？
ヒトの細胞はどのくらいの大きさか？
光受容細胞はどのくらいの大きさか？
細胞のサイズと形状の範囲はどのくらいか？
細胞小器官
核はどのくらいの大きさか？
小胞体はどのくらいの大きさか？
ミトコンドリアはどのくらいの大きさか？
葉緑体はどのくらいの大きさか？
シナプスはどのくらいの大きさか？
細胞を構築するブロック
生化学におけるナットやボルトはどのくらいの大きさか？
mRNA とそれがコードするタンパク質のどちらが大きいのか？
タンパク質の大きさの“平均” はどのくらいか？
セントラルドグマにおける分子機械はどのくらいの大きさか？
細胞膜はどのくらいの厚さか？
細胞骨格を構成するフィラメントはどのくらいの大きさか？
第2章 濃度と絶対的な数
細胞を構成するもの
細胞の元素組成はどのようになっているのだろうか？
細胞の質量密度はどのくらいだろうか？
環境中のO2 およびCO2 の濃度はどのくらいだろうか？
どのくらいの栄養素が細胞の培地に供給される必要があるか？
飽和培養液中の細菌細胞の濃度はどのくらいだろうか？
細胞の活動調査
細胞のpH はどのくらいだろうか？
細胞内の異なるイオンの濃度はどのくらいだろうか？
細胞内の遊離代謝物の濃度はどのくらいだろうか？
どの脂質が生体膜において最も豊富か？
1 細胞中にはどれほどのタンパク質があるのか？
細胞内で最も豊富なタンパク質は何か？
タンパク質の発現に見られる細胞間の多様性はどれだけ存在するのか？
細胞骨格分子の濃度はどのくらいだろうか？
細胞内のmRNA はどれだけあるだろうか？
mRNA に対するタンパク質の比率はどのくらいだろうか？
細胞における高分子組成はどうなっているのか？
組織と信号
転写因子の複製総量はどのくらいだろうか？
シグナル伝達分子の絶対数はどのくらいだろうか？
桿体細胞にロドプシン分子はどのくらいあるのだろうか？
1 細胞にリボソームはいくつあるのだろうか？
第3章 エネルギーと力
生物学を物理学で解釈する
熱エネルギーの大きさと生物学とのかかわりとは？
水素結合のエネルギーはどのくらいだろうか？
疎水性効果に関するエネルギーはどのくらいだろうか？
光合成において光子が運ぶエネルギーはどのくらいだろうか？
複合体形成におけるエントロピー消費量はどのくらいだろうか？
細胞骨格フィラメントがもたらす力の大きさはどのくらいだろうか？
細胞による検出の物理的限界はどのくらいだろうか？
生命の通貨と収支
ATP加水分解で放出されるエネルギーはどのくらいだろうか？
リン酸化・脱リン酸化を介して移動するエネルギーはどのくらいだろうか？
糖の燃焼によって得られる自由エネルギーはどのくらいだろうか？
細胞の酸化還元電位の大きさはどのくらいだろうか？
膜間における電位差はどのくらいだろうか？
細胞のエネルギー消費量はどのくらいだろうか？
代謝速度とサイズの関係とは？
第4章 速度と時間
小分子の時間スケール
細胞内における拡散の時間スケールはどの程度だろうか？
酵素は毎秒いくつの反応を行っているのだろうか？
温度は速度と親和性にどのような影響を及ぼすだろうか？
膜輸送体の輸送速度はどれほどか？
毎秒いくつのイオンがイオンチャネルを通過するだろうか？
代謝物質のターンオーバーにかかる時間はどのくらいだろうか？
セントラルドグマ
転写と翻訳，どちらの方が速いのだろうか？
蛍光タンパク質の成熟時間はどのくらいだろうか？
プロテアソームはどのくらい速くタンパク質を分解するだろうか？
RNA とタンパク質はどのくらいの速さで分解されるのだろうか？
細胞の力学
細胞内の電気シグナルはどのくらい速いか？
回転分子モーターの振動数はどのくらいか？
細胞骨格の形成と分解の速度はどのくらいか？
細胞骨格フィラメントにおける分子モーターの動きはどのくらい速いか？
細胞はどのくらい速く動くのか？
細胞周期
複製にかかる時間はどのくらいだろうか？
細胞周期の各段階にかかる時間はどのくらいだろうか？
体内のさまざまな細胞はどのくらい速く自分自身を置き換えるのか？
第5章 情報とエラー
ゲノム
ゲノムはどのくらい大きいのか？
生物種ごとに染色体数はどの程度異なるのだろうか？
ゲノムにはどれほどの遺伝子があるのだろうか？
無作為に選ばれた2 人は遺伝的にどれほど似ているのだろうか？
変異とエラー
ゲノムが複製する際の変異率はどのくらいか？
転写および翻訳時におけるエラー率はどのくらいか？
遺伝子組換え率はどのくらいか？
第6章 定量的な雑記
生物にはどのくらいの細胞が存在するのだろうか？
1 世代でどのくらいの染色体が複製されるのか？
ゲノムにはどのくらいのrRNA 遺伝子のコピーがあるのか？
細胞膜における透過率とは何か？
シアノバクテリアをつくるのに必要な光子の数はいくつか？
1 つのウイルス感染でいくつのウイルスがつくられるのか？
エピローグ
索引
RAW DATA（ロー・データ）
中村丁次／著
ペルニールロース，PernilleRorth／著，日向やよい／翻訳
パート1 小説「RAW DATA」
パート2 著者ペルニール・ロースとの一問一答
バーチャルスライド 組織学
駒﨑伸二／著
序
バーチャルスライド一覧
ウェブ付録 バーチャルスライドのご案内
本書の使い方
第1章 ヒトの体を構成するさまざまな細胞
1 上皮組織の細胞
A 上皮細胞の基本構造
B 上皮に存在する分泌細胞
C 線毛細胞と感覚細胞
D 上皮細胞の特殊な構造
2 結合組織の細胞
A 線維性の結合組織に存在する細胞
B 線維性の結合組織を構成する細胞外基質
3 支持組織の細胞
A 軟骨細胞
B 骨細胞
4 筋組織の細胞
A 骨格筋
B 心筋
C 平滑筋
5 神経組織の細胞
A 神経細胞
B シナプス
C 有髄線維
D 無髄線維
E グリア細胞
6 細胞増殖と細胞死
A 細胞増殖
B 細胞死
第2章 上皮組織
1 形態による分類
A 単層扁平上皮
B 単層立方上皮
C 単層円柱上皮
D 多列円柱上皮
E 重層扁平上皮
F 重層円柱上皮
G 移行上皮
2 機能による分類
A 腺上皮
B 感覚上皮
C 吸収上皮
第3章 結合組織
1 線維性の結合組織の分類
A 疎性結合組織
B 密性結合組織
2 特殊な構造の結合組織
A 脂肪組織
B 網様結合組織
C 弾性結合組織
D 膠様組織
第4章 支持組織
1 軟骨
1）硝子軟骨
A 軟骨膜
B 軟骨の成長
C 軟骨細胞
D 軟骨の変性と石灰化
2）線維軟骨
A 線維綸
B 線維軟骨
C 髄核
D 軟骨終板
3）弾性軟骨
A 弾性軟骨
B 軟骨細胞と弾性線維
C 軟骨膜
2 骨
A 骨単位
B 緻密骨の脱灰標本
C ハバース管とフォルクマン管
D 海綿骨
E 骨膜
F 骨内膜
G 外環状層板と内環状層板
H 骨髄
3 骨の発生
A 軟骨膜による骨形成
B 軟骨内骨化に伴う骨端部の成長
C 軟骨から海綿骨の形成
D 軟骨細胞のアポトーシスと第一次海綿骨の形成
第5章 筋組織
1 骨格筋
A 骨格筋細胞
B 筋内膜と筋周膜
C 筋上膜
D 筋腱接合
E 運動終板
F 筋紡錘
G 骨格筋の血管網
2 心筋
A 心筋層
B 心内膜
C 心外膜
D 心臓の副交感神経節
E 線維輪
F 心臓弁
G プルキンエ線維
3 平滑筋
A 単ユニット平滑筋
B 多ユニット平滑筋
第6章 神経組織
1 大脳皮質
A 錐体細胞
B 有棘星状細胞
C 大脳新皮質の層構造
D 大脳新皮質の層構造の特徴
E ベッツ細胞
F 髄膜
G 大脳基底核
H 海馬体の層構造
I 脈絡叢
2 小脳と延髄
A 小脳皮質
B 分子層の神経細胞
C プルキンエ細胞層
D プルキンエ細胞とシナプス
E 顆粒層
F 小脳核
G 延髄
H 脳幹網様体
3 脊髄
A 前角
B 中間質
C 後角
D 胸髄
E 胸髄核
F 中心管
4 神経節
A 感覚神経節
B 自律神経節
5 神経線維
A 神経線維の束
B 有髄線維と無髄線維の束
第7章 血液
1 血液
A 赤血球
B 白血球
C 血小板
第8章 血管系
1 大動脈
A 内膜
B 中膜
C 外膜
D 動脈と静脈の構造の比較
2 その他の血管系
A 分配動脈とそれに伴行する静脈の比較
B 細動脈とそれに伴行する静脈
C 静脈弁
D 特殊な構造の血管
E 前毛細血管括約筋
F 毛細血管
G 毛細血管の分布
H 類洞
I 頸動脈小体
J 血液脳関門
第9章 リンパ系
1 リンパ管
A 毛細リンパ管
B リンパ管の弁
C 集合リンパ管
D 胸管
2 粘膜関連リンパ組織
A 腸上皮細胞間リンパ球
B 瀰漫性リンパ組織
C 孤立リンパ小節
D 胚中心
E 高内皮細静脈
F 集合リンパ小節
3 リンパ節
A 被膜と輸入リンパ管
B 辺縁洞
C 中間洞，髄洞
D 皮質小節
E 傍皮質領域
F 髄索と髄洞
G 門と血管，輸出リンパ管
4 脾臓
A 被膜
B 白脾髄
C 脾柱動脈，中心動脈，筆毛動脈，脾洞
D 筆毛動脈と莢動脈
E 赤脾髄
F 脾洞と脾索の細網線維
5 胸腺
A 小葉
B 皮質
C 皮質の中の血管
D 髄質
E ハッサル小体
F 胸腺の退縮
6 骨髄
A 赤血球系
B 赤血球の脱核
C 顆粒球系
D リンパ球と単球
E 巨核球
F 骨髄
第10章 消化器系
1 歯
A エナメル質
B 象牙質
C 象牙芽細胞
D セメント質
E 歯髄
2 舌
A 舌乳頭
B 葉状乳頭の味蕾
C 内舌筋と舌中隔
D 舌腺
3 唾液腺
A 大唾液腺
B 唾液の産生と再吸収
C 大唾液腺の種類
D 腺房の筋上皮
4 食道
A 食道の構造
B 粘膜上皮と粘膜固有層
C 粘膜筋板
D 粘膜下組織と食道腺
E 筋層
F 消化管に内在する神経系
G 外膜
5 胃
A 噴門
B 噴門腺
C 胃底腺
D 胃底腺の外分泌細胞と粘膜の上皮細胞
E 筋層
6 幽門
A 幽門部における粘膜上皮の変化
B 幽門腺
7 小腸
A 輪状ひだ
B 絨毛
C 絨毛の粘膜固有層
D 十二指腸腺
E 腸腺
F 粘膜筋板と絨毛
G 粘膜下組織と粘膜下神経叢
H 筋層
I 腹膜
8 大腸
A 粘膜上皮
B 腸腺
C 粘膜筋板の2層構造
D 筋層
E 虫垂
F 虫垂に見られる消化管の基本構造
9 直腸と肛門
A 直腸から肛門への移行部
B 移行部における上皮の変化
C 内肛門括約筋，外肛門括約筋
D 直腸静脈叢
10 膵臓
A 外分泌部と内分泌部
B 外分泌細胞と内分泌細胞
C 内分泌部の特殊染色
11 肝臓
A 肝小葉
B グリソン鞘
C 肝細胞索，類洞，中心静脈
D ディッセ腔
E ディッセ腔の細網線維
F 毛細胆管
G 類洞の内皮細胞
H クッパー細胞
I 胆嚢
第11章 呼吸器系
1 上気道
A 喉頭の粘膜
B 声帯ひだ
C 鼻腔の粘膜
D 鼻腔の鼻腺
E 喉頭蓋
2 下気道
A 軟骨性壁
B 粘膜上皮
C 膜性壁
D 気管腺
3 肺
A 区域気管支，細気管支，終末細気管支
B 気管支の粘膜上皮
C 終末細気管支から呼吸細気管支
D 呼吸細気管支から肺胞管と肺胞嚢へ
E 肺胞
F 肺胞マクロファージ
G 肺と胸膜のリンパ系
H 胸膜
I 傍気管神経節
第12章 泌尿器系
1 腎臓
A 腎葉
B 皮質と髄質
C 髄質の層構造
D 腎乳頭
E 腎杯と腎盤
F 腎臓を覆う構造
G 腎小体
H メサンギウム細胞
I 傍糸球体装置
J 緻密斑
K 近位曲尿細管
L ヘンレのループ
M 遠位曲尿細管
N 集合管
2 尿管
A 粘膜
B 筋層
3 膀胱
A 膀胱の粘膜
B 膀胱の筋層
C 尿道
D 尿路の粘膜上皮
第13章 生殖器系
1 精巣と精路
A 白膜
B 精巣小葉
C 曲精細管における精子形成
D 精子
E ライディッヒ細胞
F 直精細管
G 精巣網
H 精巣輸出管
I 精巣上体管
J 精管
K 精管膨大部
L 精嚢
M 前立腺
N 前立腺の分泌細胞
O 陰茎
2 卵巣
A 胚上皮，皮質，髄質
B 原始卵胞
C 一次卵胞
D 二次卵胞
E 三次卵胞
F 成熟卵胞
G 成熟卵胞の卵母細胞
H 卵胞膜
I 卵胞膜の毛細血管網
J 卵胞閉鎖
K 赤体
L 月経黄体
M 妊娠黄体
N 2種類の黄体細胞
O 白体
P 卵管
Q 卵管の粘膜
3 子宮
A 子宮内膜（分泌期）
B 粘膜上皮と子宮腺
C 子宮内膜（増殖期）
D 子宮筋層
E 子宮頸
F 子宮頸腺
G 膣
4 胎盤と乳腺
A 絨毛膜板
B 絨毛
C 脱落膜
D 臍帯
E 乳腺
第14章 内分泌系
1 下垂体
A 視床下部
B 前葉
C 中間部
D 後葉
E へリング小体
2 副腎
A 被膜
B 副腎皮質
C 球状帯
D 束状帯
E 網状帯
F 副腎髄質
G クロム親和性細胞
H 副腎髄質の神経細胞
I 中心静脈
3 甲状腺とその他の内分泌腺
A 小葉
B 濾胞
C 傍濾胞細胞
D 副甲状腺
E 副甲状腺の主細胞
F 松果体
G 松果体細胞
H 脳砂
第15章 外皮系
1 皮膚
A 表皮の構造
B 体の部位による皮膚の構造の違い
C 基底層
D 色素細胞
E 有棘層
F ランゲルハンス細胞
G 顆粒層
H 淡明層
I 角質層
J 真皮層
K 真皮乳頭
L 皮下組織
2 皮膚の付属器
A エクリン汗腺
B アポクリン汗腺
C 脂腺
D 毛の成長
E 毛の構造
F 爪
G 陰嚢の皮膚の平滑筋層
第16章 感覚器系
1 視覚
A 眼球の壁
B 角膜
C 網膜
D 毛様体
E 線維柱帯，強膜静脈洞
F 水晶体
G 虹彩
2 眼球の付属器
A 睫毛腺と瞼板腺
B 瞼板と結膜
C 涙腺
3 聴覚と平衡覚
A 膜迷路と骨迷路
B 蝸牛
C らせん器
D 膜らせん板
E らせん器の有毛細胞
F らせん神経節
G 前庭階壁
H 平衡斑
I 膨大部稜
J 鼓膜
K 中耳
4 味覚
A 味蕾
5 嗅覚
A 嗅上皮
B 嗅腺
6 皮膚感覚
A マイスネル小体
B パチニ小体
索引
忙しい人のための代謝学
ミトコンドリアがわかれば代謝がわかる
田中文彦／著
はじめに
第1章 植物と動物
もし生まれ変われたら
植物と動物の本質
植物と動物の決定的な細胞内小器官
葉緑体とミトコンドリアの起源
電子伝達系は細胞の発電所
酸化反応と還元反応の定義
生体のエネルギー通貨：ATP
第2章 動物エネルギー産生
血液中から細胞内に取り込まれたグルコースはまず解糖系へ
各代謝産物に含まれる炭素原子数は必須知識
解糖系では1分子のグルコースから2分子のATPが得られる
解糖系からTCA回路への受け渡し
TCA回路の脱水素反応
ATP産生の総決算
動物のATPは3つの化学反応以外では産生されない
第3章 肉食動物の場合
ライオンはパンで生きるにあらず
糖新生における最大の難関
リンゴ酸はシャトルに乗って
アミノ酸からの糖新生
アミノ酸からの糖新生にはアミノ基転移反応が必要
糖新生を介した肝臓と筋肉の協調
腎臓は有力な糖新生臓器
第4章 補助燃料タンク（グリコーゲン）
食物は常にあるわけではない
グルコースは細胞内の囚人である
グリコーゲンを貯めて絶食に備える
肝臓と筋肉ではグリコーゲンの利用法が異なる
グリコーゲンを利用できない糖原病
第5章 補助燃料タンク（中性脂肪の分解）
中性脂肪とは
グリセロールは糖新生へ
脂肪酸はβ酸化でアセチルCoAを経てTCA回路へ
脂肪酸のβ酸化だけではTCA回路が空焚き状態になる
糖尿病の本質
トランスポーターとチャネル
糖尿病とは細胞内飢餓である
第6章 補助燃料タンク（中性脂肪とコレステロールの合成）
中性脂肪分解はミトコンドリアの内、合成は外
クエン酸もシャトルに乗って
脂肪酸は分解も合成も炭素2個ずつ
肥満対策はまず運動
コレステロールもアセチルCoAが原料
脂肪やコレステロールの特殊運搬車リポタンパク質
第7章 ビタミンB群の関与
ビタミンとは何か
支離滅裂なビタミンB
かつては国民病だったB1欠乏症の脚気
B2とB3は酸化還元反応の立役者
コエンザイムAの部品となるB5
その他のビタミンB群
第8章 アミノ基転移反応とアンモニアの処理
トランスアミナーゼの働き
酸化的脱アミノ
尿素回路でアンモニアを無害化
尿素回路は二酸化炭素でスタート
肝門脈がなければ人は即死する
肝臓のさまざまな機能を支える構造
肝硬変の危険性
アンモニアは生体に必要な素材でもある
グルタミンとグルタミン酸
第9章 ヘムの合成
ヘモグロビンの構造
ヘムはミトコンドリアの中で生まれる
ヘムはミトコンドリアの外で成長する
なぜ胎児期の造血は肝臓と脾臓でなければいけないのか
ヘムは再びミトコンドリアに帰る
ヘムはミトコンドリアの中で鉄と出会う
第10章 赤血球の代謝と機能
赤芽球の脱核とは
解糖系だけが赤血球の命綱
赤血球の解糖系の特殊性
ヘモグロビンの酸素解離曲線
酸素解離曲線の右方移動
赤血球は自己犠牲の健気な細胞
第11章 素材としてのグルコース
燃料にならないグルコース～五炭糖経路
五炭糖経路の産物
第12章 代謝各論
解糖系しか使えない細胞もある
赤筋と白筋
代謝は脳が最優先
がん細胞は解糖系優位
終章 ミトコンドリア・イブ
索引
おわりに
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