バイオウェブ 　 　

羊土社　
2014年8月の書籍

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1. 次世代シークエンス解析スタンダード
2. 改訂 バイオ試薬調製ポケットマニュアル

次世代シークエンス解析スタンダード
NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY

二階堂　愛／編

I　基礎編

  1. NGSのアプリケーションと今後の展望
    【渡辺　亮／野宮　唯／北岡文美代／中村正裕】

  2. NGSの試薬選択ガイド
    【渡辺　亮／田中　梓／北野優子／桑原順子】

  3. 現行機種の長所・短所とその選択
    【中村昇太】

  4. NGS解析の要　品質管理の重要性と方法
    【樽井　寛】

  5. NGSデータ解析に必要なコンピューティングの基礎
    【二階堂 愛】

II　プロトコール　メディカル・クリニカルシークエンス

  1. メンデル遺伝性疾患の原因遺伝子を解明する　Exome-seq
    【鶴﨑美徳】

  2. 遺伝子診断　ターゲットキャプチャ
    【才津浩智】

  3. アンプリコンシークエンスのためのプライマーを自在に設計する
    【熊井広哉】

  4. がんゲノムから後天的変異を抽出する　Genomon-exomeにおける方法論
    【白石友一／千葉健一／宮野　悟】

  5. HLA遺伝子の完全配列を決定する
    【細道一善／井ノ上逸朗】

  6. ヒトゲノム・オミックス情報をコホート研究に応用する
    【清水厚志／八谷剛史／田原康玄】

III　プロトコール　エピゲノム

  • A ChIP-seq
  1. ヒストン修飾や転写因子の結合領域を同定するコツやポイント
    【門田満隆／蓑田亜希子】

  2. RとBioconductorでChIP-seq データを解析する
    【二階堂 愛】

  3. 高精度で結合領域を決定する　GeF-seq
    【大島　拓／石川　周／Chumsakul Onuma／中村建介】
  • B DNAメチル化解析
  1. バイサルファイト変換で全ゲノムDNAメチル化を定量する　PBAT法
    【三浦史仁／伊藤隆司】

  2. メチル化結合タンパク質でDNAメチル化領域を濃縮する　MBD-seq法
    【團野宏樹／笹川洋平／二階堂 愛】

  3. メチル化感受性制限酵素を利用しメチル化領域を検出する(1)　HELPアッセイの基本と微量DNAメチル化解析を可能とするサンプル調製法
    【池田理恵子／阿部訓也】

  4. メチル化感受性制限酵素を利用しメチル化領域を検出する(2)　NGSを用いたHELP-taggingの実際
    【鈴木雅子／阿部訓也】
  • C クロマチンアクセシビリティ解析
  1. クロマチン立体構造を評価する　3C, ChIA-PET
    【井上　剛／小林美佳／和田洋一郎】

  2. オープンクロマチンを同定する　FAIRE-seq
    【中村正裕／脇　裕典】

IV　プロトコール　トランスクリプトーム・転写制御

  1. 急速に普及するRNA-Seqで遺伝子発現をみる
    【鈴木絢子／鈴木　穣／菅野純夫】

  2. 1細胞から遺伝子発現を網羅的にみる　Quartz-Seq
    【笹川洋平／二階堂 愛】

  3. CAGE法で転写制御領域を解析する　fastCAGE調製法
    【村田光義／大宮寛子／末木広美／石山美樹／長谷川 哲／Timo Lassmann／伊藤昌可】

V　プロトコール　環境・進化・生物資源

  1. 難読領域を含む微生物ゲノム完全長配列をde Novoに決定する　PacBio RS Ⅱを用いたアセンブル
    【寺林靖宣／照屋邦子／佐藤万仁】

  2. 細菌種や組成を調べる　メタ16Sとメタゲノム解析
    【須田　亙／大島健志朗／服部正平】

  3. 微生物コミュニティの遺伝子レパートリーを調べる　メタゲノムデータ解析
    【八谷剛史】

  4. ゲノム情報のない生物種の新規ゲノム配列を決定する
    【藤江　学／山崎慎一】

  5. 非モデル生物の遺伝子発現をみる　RNA-Seqとde novoゲノム
    【尾崎克久】

  6. 非モデル生物のSNPを探索する　RAD-seq
    【柿岡　諒】

  7. 育種へ応用する　MutMap
    【阿部　陽／高木宏樹／小杉俊一／夏目　俊／八重樫弘樹／吉田健太郎／寺内良平】

VI　プロトコール　データ解析と環境構築

  1. 解析環境を導入する　スパコンの利用
    【小笠原 理】

  2. LPMを用いて解析環境を構築する
    【笠原雅弘】

  3. Galaxyを用いてグラフィカルに解析する　解析パイプラインによるChIP-seqとCAGEデータの利用
    【下地　寿／川路英哉】

  4. DDBJ Read Annotation Pipeline　解析パイプラインによるRNA-Seq de novo assemblyとイネ多型解析
    【長崎英樹／望月孝子／谷沢靖洋／神沼英里／中村保一】

  5. 変異を解析する　グラフィカルなインターフェイスを使って
    【宮本真理】

  6. ゲノムブラウザを用いて可視化する(1)　UTGB Toolkitによる可視化
    【斉藤太郎】

  7. ゲノムブラウザを用いて可視化する(2)　GenomeJackによる可視化
    【石川元一／野原祥夫／谷嶋成樹】

  8. NGSデータを公共データベースへ登録する
    【児玉悠一／真島　淳／高木利久／中村保一】

改訂 バイオ試薬調製ポケットマニュアル
欲しい試薬がすぐにつくれる基本操作と注意・ポイント

田村隆明／著

I部　溶液・試薬データ編

  • 第1章　基本溶液
  1. 酸とアルカリ
  2. 塩溶液
  3. 緩衝液（バッファー）
  4. その他
  • 第2章　遺伝子工学実験
  1. 保存溶解溶液
  2. 核酸の抽出
  3. 核酸の精製と検出
  • 第3章　核酸解析実験
  1. 制限酵素反応液
  2. 制限酵素以外の酵素反応液
  3. ハイブリダイゼーション
  • 第4章　タンパク質実験
  1. 抽出溶液
  2. 安定化剤
  3. 免疫学的実験
  4. その他
  • 第5章　電気泳動
  1. 電気泳動バッファー
  2. 核酸用ゲル・試薬
  3. タンパク質用ゲル・試薬
  4. その他，共通に使用されるもの
  • 第6章　大腸菌実験
  1. 培地
  2. 培地添加物
  3. ファージ実験用試薬
  • 第7章　細胞実験
  1. 生理的塩溶液
  2. 培養液用添加物
  3. 染色と観察
  4. 細胞解析用試薬

II部　基本操作編

  • 第1章　基本溶液
  1. 計量器具
  2. 濃度計算と確認
  3. 秤量とメスアップ
  4. 試薬と水のグレード
  5. pHとバッファー
  6. 容器の材質と保存条件
  7. 器具と試薬の滅菌
  • 第2章　遺伝子工学実験
  1. 核酸の保存と安定性
  2. 核酸の沈殿・濃縮
  3. 分光光度計による核酸の定量
  4. DNAの断片化
  5. RNA実験のポイント
  • 第3章　核酸解析実験
  1. DNAの変性とTm
  2. 核酸精製用ゲル濾過
  3. 透析
  • 第4章　タンパク質実験
  1. タンパク質定量法
  2. タンパク質の精製法
  3. 濃縮法
  • 第5章　電気泳動
  1. 分子量マーカーとその分離パターン
  2. ゲルからの試料の抽出
  3. ゲル保存法
  • 第6章　大腸菌実験
  1. 培養プレート作製法
  2. 代表的大腸菌の遺伝型
  3. プラスミドの導入
  • 第7章　細胞実験
  1. 細胞の凍結保存
  2. 細胞数の計測
  3. 固定染色法
  4. 培養容器の規格
  5. 血清の準備

付録

  1. ラジオアイソトープデータ
  2. 遠心力
  3. おもなバッファーの適用pH範囲
  4. 硫安（硫酸アンモニウム）溶液の濃度
  5. アミノ酸
  6. 紫外部吸収とタンパク質濃度
  7. 核酸とタンパク質の換算式
  8. 酵素反応液
  9. 大腸菌のベクター

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