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羊土社 |
◆ 出版社 ◆ 羊土社 〒101−0052 東京都千代田区神田小川町2-5-1 TEL 03-5282-1211 FAX 03-5282-1212 URL https://www.yodosha.co.jp/ |
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|---|---|---|---|---|---|
改訂第２版
バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法
遺伝子の配列・機能解析，タンパク質解析，プロテオミクス，文献検索，検索エンジ ン…etc．真に役立つサイトを使い倒す！
■序
（中村保一）
■掲載サイトの使用目的別分類図から自分にあったサイトを探そう
（石川 淳）
■本書を読む前に知っておきたい重要用語
（荒 武）
■第１章 キーワードによる検索，文献，文書データ
No.1 医学・生物学研究のための検索エンジン活用
（二階堂 愛）
No.2 PubMed
（石川 淳）
No.3 特許電子図書館：IPDL
（大井 隆）
【コラム】目からウロコの無料英文チェック？
（石川 淳）
■第２章 ゲノム・核酸配列解析
No.4 NCBI-BLAST
（中村保一）
No.5 The UCSC Genome Browser
（長嶋剛史）
No.6 GeneMarkTMおよびGIimmer3
（黒川 顕）
No.7 DBTSS/TRANSFAC（MATCH）
（鈴木 穣／山下理宇／中井謙太／菅野純夫）
No.8 Ensembl（Ensembl Genome Browser）
（坊農秀雅）
No.9 HapMap Project（International HapMap Project）
（神田将和）
■第３章 タンパク質配列解析
●1．類似検索
No.10 NCBI Protein BLAST
（藤澤貴智）
●2．マルチプルアラインメント
No.11 DDBJにおけるCLUSTALW
（今西 規）
●3．モチーフ・プロファイル検索
No.12 InterProScan
（菊野玲子）
●4．タンパク質の細胞内局在化予測
No.13 PSORT
（Paul Horton／中井謙太）
NO.14 SOSUI，TMHMM
（広川貴次）
●5．高次構造・比較分類
NO.15 Protein Data Bank japan（PDBj）
（中村春木）
No.16 SCOP（Structural Classification of Proteins）
（太田元規）
■第４章 発現プロファイル・パスウェイ解析・プロテオミクス
●1．発現プロファイル
No.17 GO
（荒 武）
No.18 GEO
（岡田吉史／藤渕 航）
No.19 GNF SymAtlas
（粕川雄也）
●2．パスウェイ
No.20 KEGG PATHWAY
（平川美夏）
No.21 Reactome
（河野 信）
●3．プロテオミクス
No.22 ExPASy Proteomics tools
（高田耕司）
No.23 Mascot
（川上隆雄）
【コラム】データベースやウェブツールを利用している論文の探し方
（石川 淳）
■第５章 マテリアル系
●1．試薬・化合物データベース
No.24 ChemIDplusおよびPubChem
（植木雅志）
No.25 KEGG LIGAND
（平川美夏）
●2．バイオリソースデータベース
No.26 National BioResource Project：NBRP
（山崎由紀子）
No.27 ATCCR The Global Bioresource Center
（山崎由紀子／西村順子）
■付 録 役立つウェブサイト集（礒合 敦）
■索 引
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抽出・精製・組換えタンパク質発現・抗体作製の実践的ノウハウと，最適な試薬・機 器の選択＆活用法
●序
【森山達哉】
●第1章 タンパク質の取扱いと抽出のコツ
1.変性・分解を防ぐ取扱いと保存のコツ
【森山達哉】
2.動物細胞・組織からの抽出およびオルガネラの分画
【森山達哉】
3.植物からの抽出
【武田 徹】
4.溶解性の差などを利用した分画抽出
【安達 伸】
5.膜タンパク質の可溶化
【森山達哉】
6.タンパク質の定量
【森山達哉】
●第2章 タンパク質精製のコツ（基本編）
1.精製の目的と戦略
【森山達哉】
2.タンパク質をモニターする方法
【森山達哉】
3.カラムクロマトグラフィーによる精製計画の基本
【稲川淳一】
4.各種カラムクロマトグラフィー技術の特徴
【稲川淳一】
5.限外濾過膜を用いた濃縮・精製
【松井有紀子】
6.電気泳動と純度検定
【安達 伸】
●第3章 タンパク質精製のコツ（応用編）
1.微量タンパク質の精製・取扱い
【長野光司】
2.電気泳動を用いた分離・精製
【緒方訓子】
3.酵素消化とペプチドの単離・精製−質量分析用試料の調製
【長野光司】
4.質量分析による同定
【長野光司】
5.シークエンスによる同定
【長野光司】
6.ペプチドの精製
【大日向耕作／吉川正明】
●第4章 組換えタンパク質の発現と精製のコツ
1.発現系の選択
【本庄栄二郎，黒木良太】
2.タンパク質発現系−大腸菌コールドショックベクター
【小堀博史／高蔵 晃】
3.タンパク質発現系−発現クローンの構築：Gateway/MultiSite Gateway法
【矢幡一英／曽根岳史／今本文男】
4.タグ付き組換えタンパク質の発現と精製
【小堀博史／高蔵 晃】
5.組換えタンパク質の発現
【本庄栄二郎／黒木良太】
6.組換えタンパク質の精製
【本庄栄二郎／黒木良太】
7.分解や封入体への対応
【本庄栄二郎／黒木良太】
8.タグ付き組換えタンパク質の検出
【森山達哉】
●第5章 抗体作製と使用のコツ
1.抗体作製の目的と手順
【森山達哉】
2.モノクローナル抗体作製法
【片岡千和】
3.抗体精製方法
【稲川淳一】
●付録：タンパク質研究に便利なツール，委託抗体作製等の情報
【森山達哉】
●索引
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分子間相互作用解析ハンドブック
タンパク質とタンパク質・核酸・糖・脂質・低分子間のネットワーク解析
●目次
●序
【礒辺俊明／中山敬一／伊藤隆司】
●第1章 タンパク質−タンパク質相互作用解析法
I)リバ-ス・プロテオミクスによる解析法
1.ファージディスプレイ法
【松原輝彦／佐藤智典】
2.酵母2ハイブリッド法の応用と1ハイブリッド法
【山口佳洋／太田一寿／伊藤隆司】
3.哺乳類細胞ツ−ハイブリッド法
【甲斐誓利／鈴木治和】
4.ファーウエスタン法
【兼松 隆／藤井 誠／平田雅人】II)プロテオミクスによる解析法
1.免疫沈降による内在性複合体の解析法
【泉川桂一】
2.アフィニティークロマトグラフィー法
【高橋信弘／藤山沙理／千葉一裕】
3.エピトープタグ発現法〜質量分析のためのサンプル調製法〜
【家村俊一郎】
4.タンデムアフィニティータグ 発現精製法（TAP法）
【垣内一恵／田岡万悟 ／市村 徹／礒辺俊明】
5.リバースタグ法／ダブルタグ法
【早野俊哉】
6.化学的修飾法を利用したタンパク質相互作用解析法
【中村立二／小田吉哉】III)分子イメ-ジングによる解析法
1.2分子FRETによる解析法
【中村岳史／松田道行】
2.FCSによる解析法
【三國新太郎／金城政孝】
3.FCCSによるタンパク質相互作用解析
【三國新太郎／小暮貴子／宮脇敦史／金城政孝】
4.1分子イメージングによる解析法
【佐甲靖志】IV)分光学的な解析法
1.SPRセンサ-を用いたタンパク質相互作用の新規カイネティクス解析〜 single cycle kinetics〜
【橋本せつ子／森本香織】
2.NMRによる解析法
【神田大輔】V)情報処理技術を利用した解析法
1.KeyMolnetによる 分子ネットワーク解析
【佐藤陽美】
2.知識ベ-スを利用した分子間相互作用解析〜IPAの利用法〜
【二階堂 愛】
3.計算による相互作用の予測
【佐藤哲也／金久 實／藤 博幸】
4.ドッキング計算によるタンパク質−タンパク質相互作用予測
【広川貴次】VI)その他の解析法
1.水晶発振子マイクロバランス法
【古澤宏幸／岡畑惠雄】
2.等温滴定型熱量計を用いた分子間相互作用測定
【宇於崎麻衣子／城所俊一】
3.超遠心分析によるタンパク質間相互作用の解析
【有坂文雄】
●第2章 タンパク質−核酸相互作用解析法
1.South-Western法
【田中 卓／正井久雄】
2.UVクロスリンキング法
【You Zhiying 正井久雄】
3.EMSA（Electrophoretic Mobility Shift Assay） 〜ゲルシフトアッセイ 〜
【石田尚臣】
4.DNaseフットプリンティング法
【上田 均】
5.メチル化干渉法
【上田 均】
6.クロマチン免疫沈降法（ChIP）
【束田裕一】
7.ChIP-on-chip法
【高橋康彦】
8.レポーターアッセイ
【河合香代子／須藤龍彦】
9.酵母を用いたRNA／タンパク質スリーハイブリッドアッセイ法
【高木正稔】
10.SPRを用いたタンパク質−核酸相互作用解析法
【遠藤 慧／中村義一】
11.転写因子とシスエレメントの相互作用解析に役立つデータベースとウェ ブツール
【蒔田由布子／中井謙太】
●第3章 タンパク質−低分子相互作用解析法
1.核内受容体を用いた脂溶性生理活性物質の評価法
【加藤茂明／藤木亮次】
2.化合物アレイを用いた低分子−タンパク質相互作用の検出
【齊藤安貴子／ 叶直樹／長田裕之】
3.表面プラズモン共鳴（SPR）バイオセンサ-によるタンパク質−低分子化合 物相互作用解析
【諏訪頼正／並木直子】
4.シミュレーションソフトウェアによるタンパク質−リガンド相互作用解析
【島田裕三】
5.分子動力学計算法によるタンパク質−リガンド相互作用解析
【広川貴次】
●第4章 タンパク質−糖・脂質相互作用解析法
1.レクチンアレイによる糖タンパク質の解析
【久野 敦／平林 淳】
2.レクチンの糖結合特性の効率的解明 〜フロンタルアフィニティークロマ トグラフィー〜
【笠井献一】
3.リポソーム崩壊法による膜脂質作用性タンパク質の解析法
【五十嵐浩二／ 梅田真郷】
4.スポットアレイ法によるタンパク質−脂質間相互作用の検出
【伊藤俊樹／ 竹縄忠臣 】
5.リポソーム共沈法によるタンパク質−脂質間相互作用の検出
【伊藤俊樹／ 竹縄忠臣 】
6.ELISAを利用したイノシトールリン脂質結合タンパク質の検出法
【辻田和也】
7.SPRによるタンパク質−脂質相互作用解析法
【有木 茂／川畑俊一郎】
●索 引
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