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羊土社 |
◆ 出版社 ◆ 羊土社 〒101−0052 東京都千代田区神田小川町2-5-1 TEL 03-5282-1211 FAX 03-5282-1212 URL https://www.yodosha.co.jp/ |
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|---|---|---|---|---|---|
画像解析テキスト
改訂第３版
NIH Image，Scion Image，ImageJ実践講座
序にかえて【小島清嗣】
第 1 章 デジタル画像の基礎知識
1）デジタル画像とは何か？【安藤幸司】
2）デジタルカメラからの入力【篠原大三】
3）画像のデジタル化の基礎知識【岡本洋一】
4）画像解析の基礎知識【岡本洋一】
5）データ形式とファイル交換【岡本洋一】
Column
DICOMファイルの扱いについて
第 2 章 画像解析の準備
1）Scion Imageの準備【岡本弥生】
2）ImageJの準備【岡本洋一】
3）Scion Imageの操作方法【西川慶一】
4）ImageJの操作【岡本洋一】
5）StellaImageの利用【岡本洋一】
6）Photoshopで解析結果を編集する【木原 章】
7）動画からの切り出し【岡本洋一】
第 3 章 研究に即した画像解析テクニック
1）クールドCCDカメラを使用した蛍光顕微鏡画像解析システム【宇都宮弘美】
2）組織・細胞写真の解析【小島清嗣】
3）ゲル電気泳動画像の解析【小島清嗣】
4）X線画像の解析【西川慶一】
5）クールドCCDカメラによる蛍光顕微鏡画像解析の実際【宇都宮弘美】
6）X線CT3次元画像の構築【西川慶一】
7）組織切片からの3次元構築【岡本洋一】
8）動き（継時変化）の解析― ImageJでより簡単になった動画処理【木原 章】
Column
スキャナで白黒画像情報を取り込む際のスキャン条件の設定方法 3次
元画像による分析を行う際の注意事項
第 4 章 ファイリング，出力テクニック
1）画像ファイルの整理法【篠原大三】
2）デジタル画像の加工と出力【岡本洋一】
3）測定結果をExcelで使う【西川慶一】
付 録
NIH Image, Scion Imageのメニュー一覧【岡本弥生】
ImageJのメニュー一覧【岡本弥生】
画像解析に役立つホームページ（URL）リスト
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本書について
1 本書の特徴および使い方
2 使用したデータベースとコーパス解析の方法について
単語分類リスト
第1章 動詞編
第2章 名詞編
第3章 形容詞編
第4章 副詞編
第5章 接続詞・接続語編
付録
1 WebLSDの使い方
2 コーパス解析から見た日本語と英語表現の違い
コラム
1 まともな英語論文を書くための5つの鉄則
2 日本語訳から見えてこない類語の使い分け
3 類語＝同義語？
索引
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バイオ実験法＆必須データポケットマニュアル
ラボですぐに使える基本操作といつでも役立つ重要データ
1部 実験法の解説＋プロトコール編
第1章：実験の基礎
１．実験の準備
２．溶液
【プロトコール】
溶液の作製と保存
３．基礎的操作
４．ラジオアイソトープ実験
５．組換えDNA実験の安全性
第2章：DNAを扱う
１．DNAの性質
２．操作の基本
【プロトコール】
DNAを送る 吸光度測定によるDNAの定量 エチジウムブロマイド
によるDNAの検出
３．沈殿濃縮法
【プロトコール】
エタノール沈殿 イソプロパノール沈殿 PEG沈殿
４．その他の濃縮法
【プロトコール】
遠心濃縮機による濃縮 有機溶媒による脱水 有機溶媒除去
５．抽出による精製
【プロトコール】
フェノール抽出（標準的な抽出操作） フェノール／クロロホルム（ク
ロロパン）抽出 クロロホルム抽出
６．その他の精製法
【プロトコール】
低分子物質の除去1 ＜透析＞ 低分子物質の除去2 ＜ゲルろ過＞
DEAEセルロースを用いる精製法
７．高分子核酸とヌクレオチドの分離
【プロトコール】
DNAのみをフィルターに吸着させる
第3章：基本となるDNA実験
１．制限酵素を使う
【プロトコール】
制限酵素を使ったDNAの切断
２．修飾酵素を使う
【プロトコール】
5′端の脱リン酸化反応 5′端のリン酸化反応 ベクターにインサート
を組み込む
３．PCRによるDNA増幅
【プロトコール】
Taq DNAポリメラーゼを使ったPCR TAクローニング
４．ポリアクリルアミドゲル電気泳動
【プロトコール】
中性ゲル（未変性ゲル）による分離 ゲルからのDNA抽出 変性
ゲル（尿素ゲル）を使った電気泳動 ゲルの乾燥
５．アガロースゲル電気泳動
【プロトコール】
アガロースゲルの作製からDNA検出まで ゲルからのDNA回収
６．超遠心機を用いる分離方法
【プロトコール】
ショ糖密度勾配によるDNA断片の分離 塩化セシウム平衡遠心による
DNAの分離・精製 形態によるDNAの精製
第4章：DNA解析実験
１．DNAシークエンシング
【プロトコール】
アイソトープを使うマニュアルシークエンシング サイクルシークエンシ
ングとオートシークエンサーを用いる方法
２．細胞DNAの抽出
【プロトコール】
培養細胞や動物組織からDNAを抽出する 核DNAの精製（DNA抽出の準備）
３．サザンブロッティング
【プロトコール】
ステップ1・制限酵素の消化とゲル電気泳動 ステップ2・メンブラ
ンへのトランスファーと固定 ステップ3・ハイブリダイゼーションおよび検出
４．DNAの標識
【プロトコール】
ランダムプライマー法 ニックトランスレーション 3′突出DNA末
端の3′端標識法 5′突出DNA末端の3′端標識法 5′末端標識法
５．培養細胞へのDNA導入
【プロトコール】
トランスフェクション法1 リン酸カルシウム法 トランスフェクション
法2 リポフェクション法 トランスフェクション法3 エレクトロポレーション法
第5章：RNAを用いる実験
１．RNA操作
２．細胞からのRNA抽出と精製
【プロトコール】
SDS-フェノール法（抽出の基本型）
AGPC（Acid-Guanidium-Phenol-Chloroform）法（GTCを用いる方法）
GTCを用いる抽出キット タンパク質，DNAの分解操作を含む抽出方法
動物組織の処理 ポリ（A）＋RNAの精製（Oligo-dTラテックスを用いる方
法）
３．特異的RNAの検出
【プロトコール】
変性アガロースゲル電気泳動によるRNAの分離 ノザンブロッティング
RNaseプロテクション RT-PCR
４．標識RNA調製
【プロトコール】
RNAプローブの合成
第6章：タンパク質に関する実験
１．タンパク質の濃度測定
【プロトコール】
比色法
２．タンパク質の取り扱い
３．タンパク質濃縮法
【プロトコール】
硫安沈殿 アセトン沈殿 TCA沈殿
４．低分子の除去
５．細胞からのタンパク質抽出
【プロトコール】
抽出液の調製 細胞溶解液の作製 動物組織の処理
６．SDS-PAGE
【プロトコール】
ステップ1・SDS-PAGE用のゲルの作製 ステップ2・試料の前処理と電
気泳動 ステップ3・CBB染色
７．抗体を使ったタンパク質実験
【プロトコール】
ウエスタンブロッティング 免疫沈降法
８．組換えタンパク質
【プロトコール】
大腸菌からの組換えタンパク質調製
第7章：大腸菌，プラスミド，ファージに関する操作
１．大腸菌
２．培地
【プロトコール】
培地作製法 IPTGとX-galを使ったカラーセレクション
３．培養
４．プラスミド
５．プラスミドを細胞へ導入する
【プロトコール】
ケミカルコンピテントセル作製法1 ケミカルコンピテントセル作製
法2 トランスフォーメーション法 エレクトロコンピテントセル作製法
エレクトロポレーション
６．プラスミドの抽出，精製
【プロトコール】
フェノールを用いる簡易抽出法 アルカリ溶解法（アルカリプレップ）
ボイルプレップ 大量精製法（アルカリ法と塩化セシウム密度勾配遠心法の
組み合わせ
７．ファージの利用
【プロトコール】
プラークアッセイ ファージの増殖 ファージDNAの調製
2部 実験に必要なデータ編
第1章：実験の基礎
【Data】
分子量，モル濃度，分子数 主な水溶性試薬の分子量 主な水溶性試
薬（市販品）の濃度 水の電離とpH pH標準液 主なバッファーの適用
pH範囲 様々なバッファーの組成表 pH指示薬の変色域 Tris-HClバッ
ファーの温度によるpHの変化 回転数と遠心加速度の関係 オートクレー
ブの圧力と温度 殺菌法 放射能に関する単位 生物学で使用されるRI 主要
RIの減衰率
第2章：DNAを扱う
【Data】
塩基，ヌクレオシド，ヌクレオチド DNAに関する換算式 代表
的DNAのデータ 核酸の吸光度
第3章：基本となるDNA実験
【Data】
制限酵素認識配列に関するクロスインデックス 制限酵素の性質 利用
可能な主なメチラーゼ 主なDNAポリメラーゼの特性と用途 主なDNAポリ
メラーゼの反応液組成 主なヌクレアーゼの反応条件 主なヌクレアーゼの特
性と用途 アクリルアミドゲル濃度とDNAの分離能（未変性ゲルの場合）
低分子用DNAサイズマーカー 変性ゲルにおける色素マーカーの移動度
アガロースゲルの分離能 種々のアガロースの用途 高分子用DNAサイズマ
ーカー ローターの特性 塩化セシウム溶液のパラメーター
第4章：DNA解析実験
【Data】
ヒト細胞中の核酸含量など 組織培養用抗生物質 培養器の容量
よく使われる株化細胞
第5章：RNAを用いる実験
【Data】
RNAのOD測定 分子量，重量，モル数，塩基数の換算 rRNAの大きさ
逆転写酵素の特性
第6章：タンパク質に関する実験
【Data】
遺伝コード（普遍コードを示す） 機能性コドンとミトコンドリアのコドン
アミノ酸データ タンパク質の分子量とDNA長 タンパク質の吸光度と
濃度の関係 主なプロテアーゼインヒビター 主な界面活性剤 硫酸アンモニ
ウム濃度 0℃における種々の濃度の硫安溶液の作製 ゲルろ過担体の種類と
その性能 SDS-PAGEで直線的に分離できるタンパク質のサイズ SDS-PAGE用マ
ーカータンパク質 抗体とプロテインA/G/Lとの結合 大腸菌において稀なコ
ドンの真核生物での使用頻度 組換えタンパク質に使用されるタグ
第7章：大腸菌，プラスミド，ファージに関する操作
【Data】
培地１l を作るのに必要な成分 汎用プラスミドの構造 ファージ用大
腸菌
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序【北川雅敏】
歴史編
1.研究の歴史
細胞周期研究のビッグバン【岸本健雄】
1．前史 −細胞周期の概念の成立
2．細胞周期エンジン
4つの独立した源流 −合流に向けた胎動期 MPF，Cdc2，サイクリ
ンの合流 −M期の制御 種々のサイクリン・CDKの発見 −細胞周期全体の制御
CDK阻害因子（CKI）の発見 サイクリン−CDK複合体の活性制御
3．細胞周期の正確さを保障するシステム
チェックポイントの概念 DNA保全（損傷・複製）チェックポイント 紡錘
体チェックポイントとコヒーシン DNA複製のライセンシング
4．細胞周期研究の広がり
癌と遺伝子疾患 細胞分化と老化 M期制御 減数分裂
2.ブレイクスルーとなった実験の歴史
細胞周期研究を支える実験技術【千葉櫻 拓】
1．分子遺伝学的手法
細胞周期変異株の分離 酵母細胞周期変異を相補する高等生物遺伝子の分離
2．細胞生物学的手法
細胞周期分布の解析 細胞周期同調法 細胞・組織イメージング技術
生化学的手法
無細胞系を用いた解析 タンパク質相互作用・複合体解析 リン酸化特異
的抗体による解析
レビュー編
第1章 細胞周期を制御するリン酸化酵素【浦野 健】
1.リン酸化酵素の基本構造
Aurora-Aの立体構造 Aurora-AのATP結合部位 Aurora-Aの活性化ループ
2.サイクリン依存性リン酸化酵素
名前の由来 CDKの種類 CDKの役割 CDKの基質とリン酸化
コンセンサス配列 基質の認識機構 CDKの活性制御機構 臨床応用の可
能性
3. Polo様キナーゼ 1
名前の由来 Plkの種類 Plk1の局在 Plk1の役割
Plk1の基質とリン酸化コンセンサス配列 Plk1の構造学的特徴 臨床
応用の可能性
4.Aurora
名前の由来 Auroraの種類 Auroraの局在 Auroraの役割
Auroraの基質とリン酸化コンセンサス配列 Auroraの構造学的特徴 臨床
応用の可能性
第2章 G1期の制御機構【加藤順也】
1.高等動物細胞のG1期を制御するRbタンパク質
2.哺乳類G1サイクリンとそのパートナーCDK
サイクリンE サイクリンD
3.サイクリンDの制御と，発癌における脱制御
サイクリンDの機能制御メカニズム サイクリンDの蓄積による発癌
第3章 DNA複製開始とその制御機構【石見幸男】
1.DNA複製開始機構の共通原理
2.真核細胞のDNA複製開始機構
開始点へのORCの結合 MCM2-7複合体の活性化 DNA合成
3.MCMタンパク質の機能
4.DNA再複製の阻止機構
5.DNA複製チェックポイント
第4章 M期における染色体分配メカニズム【大杉美穂，山本 雅】
1.分裂前期：分裂装置形成の準備
染色体凝縮と染色体腕接着の解除 中心体成熟と星状体形成
2.分裂前中期：分裂装置の形成と染色体整列
紡錘体形成 染色体整列
3.分裂中期：姉妹染色体間接着の完全解除
4.分裂後期：染色体の分配移動
5.分裂終期/細胞質分裂：核膜再形成と分裂溝形成，娘細胞の分離
第5章 チェックポイント−細胞周期の監視点【齋藤成昭，高橋考太】
1.順序正しい細胞周期進行を保障するチェックポイント
2.チェックポイントの生理的意義
3.損傷チェックポイントの分子機構
4.損傷・複製チェックポイントシグナルの伝達経路を切り替えるメディエーター分子
5.紡錘体チェックポイントの分子機構
6.紡錘体チェックポイントを発動する2つのトリガー：張力と結合
7.まとめと今後の展望
第6章 ユビキチンシステムによる細胞周期制御【服部隆行，北川雅敏】
1.ユビキチン依存性タンパク質分解による細胞周期制御
2.APC/C による細胞周期制御
APC/Cの構造と基質認識 APC/Cの活性制御 APC/CによるM期制御因
子の分解
3.SCF複合体による細胞周期制御
SCF複合体の構造 SCF複合体の基質認識 SCF複合体による細胞
周期制御
4.APC/CとSCF複合体の相互制御
5.そのほかのユビキチンリガーゼによる細胞周期制御
p27のユビキチン化 p53 のユビキチン化 Rbファミリータンパク
質のユビキチン化
第7章 細胞周期の異常と癌化および老化【冨永 薫】
1.細胞癌化
癌抑制遺伝子産物p53とレチノブラスト−マタンパク質（pRb） 4つ
の因子によるヒト正常線維芽細胞の癌化
2.細胞老化
細胞の分裂限界 ストレス誘導性細胞老化 細胞老化は優性形質である
細胞老化を引き起こす4つの相補群 癌抑制機構としての細胞老化
3.今後の研究の展開
第8章 細胞周期と発生・分化【竹内 隆】
1.発生現象において細胞周期の制御はどうして重要か？
2.発生過程における細胞周期制御を時間軸で見る
3.組織の形態形成と細胞周期
4.組織の大きさの決定と細胞周期
5.増殖と分化の相互排他性
UP TO DATE
最新トピックスがわかる
見かけは当てにならない「Appearances are deceiving.」【浦野 健】
プロリンはお嫌いですか？【浦野 健】
細胞癌化の仲介役，サイクリンD1・CDK4プロテインキナーゼ【加藤順也】
どこまでなくせるサイクリン・CDK？【加藤順也】
CDK2に依存しないサイクリンEの機能【加藤順也】
まだまだ出てくるp53ユビキチンリガーゼ【加藤順也】
Claspin-Tim-TIPIN複合体によるDNA複製フォーク進行の制御【石見幸男】
クランプを介したCdt1の分解による複製の抑制【石見幸男】
ロスモンド-トムソン症候群の病因タンパク質RecQL4はDNA複製の開始に関与する【石
見幸男】
DNA複製の開始とクロマチン構造の関係【石見幸男】
核膜のないM期での輸送担体Importinα/βの重要な役割【大杉美穂，山本 雅】
染色体は双方向性結合が確立されなくても中期板へと整列できる【大杉美穂，山本
雅】
長いチェックポイント停止の果てに−チェックポイントアダプテーション−【齋藤成
昭，高橋考太】
紡錘体チェックポイント活性化の引き金−「結合」か「張力」か？−【齋藤成昭，高
橋考太】
CDK阻害だけじゃ物足りない？ 所変わって仕事も変わる！？【服部隆行，北川雅敏】
hTERTの発現はヒト細胞の癌化に必須か？【冨永 薫】
細胞老化は癌抑制機構として実際働いている【冨永 薫】
細胞老化にともなうクロマチン構造の変化【冨永 薫】
細胞老化は，癌化を促進してしまうのか？【冨永 薫】
サイクリンD1の発生と癌化における機能−本業，副業，どっちが大事？−【竹内 隆】
脳とくびれと細胞周期【竹内 隆】
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最適な実験を行うためのバイオ実験の原理
分子生物学的・化学的・物理的原理にもとづいたバイオ実験の実践的な考え方
第1章 分子生物学的原理を利用したバイオ実験
原理その1 特異的な結合を利用するバイオ実験
この原理に関連する実験手法
サザンハイブリダイゼーション ノーザンハイブリダイゼーション スポ
ットハイブリダイゼーション マイクロアレイ・DNAチップ ASO法
TaqMan法 インベーダー法 ヘテロデュプレックス法 ウエスタンブ
ロッティング アビジン・ビオチン複合体法 ゲルシフトアッセイ フッ
トプリント法 アフィニティークロマトグラフィー 免疫沈降法 イン
ゲル法 two-hybrid法 RNAi
1．生体内で起こっている特異的な反応には，どのようなものがあるのでしょうか？
2．生体高分子の特異的な反応はどのような実験に応用されているのでしょうか？
各実験に共通する重要点
実験を行う際の注意点
実験操作のポイント
原理その2 酵素反応を利用したバイオ実験
この原理に関連する実験手法
制限酵素反応 連結酵素反応 DNAプローブ標識 PCR法 全ゲ
ノム増幅 LAMP法 シークエンシング 逆転写酵素反応 細胞壁・細胞
膜の溶解 酵素標識によるハイブリダイゼーションや抗原抗体反応の検出
1．生体内で起こっている酵素反応には，どのようなものがあるのでしょうか？
2．この実験原理はどのような実験に利用されるのでしょうか？
各実験に共通する重要点
実験を行う際の注意点
実験操作のポイント
第2章 化学的原理を利用したバイオ実験
原理その１ 生体高分子と低分子化合物との反応
この原理に関連する実験手法
ランダムプライム ニックトランスレーション ダイターミネ
−ター法 オリゴヌクレオチド合成 ラベルトランスファー CBB染色
EtBr染色 SYBR Green染色 銀染色
1．体内で起こっている共有結合による生体高分子と低分子化合物との反応にはどの
ようなものがあるでしょうか？
2．タンパク質・核酸の修飾−生体高分子と共有結合する低分子化合物の利用
3．タンパク質・核酸の染色−生体高分子に親和性をもつ低分子の利用
各実験に共通する重要点
各実験の相違点
実験操作のポイント
原理その2 溶液中での生体高分子の状態
この原理に関連する実験手法
タンパク質・DNA・RNAの溶解 SSCP解析法 Heteroduplex解析法
タンパク質のフォールディング・リフォールディング
1．生体高分子の生体内での状態
2．バイオ実験において生体成分を溶かす溶媒
3．試験管内で溶解した生体高分子の状態
各実験に共通する重要点
各実験の相違点
実験操作のポイント
第3章 物理的原理を利用したバイオ実験
原理その１ 分子の大きさによる篩い分け（生体高分子の分取，分析）
この原理に関連する実験手法
透析 ゲル濾過 キャピラリー電気泳動 ゲル電気泳動 超遠
心分離
1．篩による生体高分子の分離
各実験に共通する重要点
いろいろな電気泳動の相違点
実験条件の検討，注意点
原理その2 細胞構造の物理的変化を利用した破砕・導入・穿刺
この原理に関連する実験手法
細胞破砕 エレクトロポレーション Hanahan（ハナハン）法
CaCl2法 ジーンガン マイクロインジェクション
1．細胞の破砕
2．細胞内への導入・穿刺
各実験に共通する重要点
各実験の相違点
実験操作のポイント
原理その3 蛍光とエネルギー
この原理に関連する実験手法
蛍光標識 GFPテクノロジー グローブバインダー
TaqMan法 ダイターミネーター法 molecular beacon
aptamer beacon
1．蛍光の性質
2．蛍光標識とインターカレーティング色素法
3．GFPテクノロジー
4．FRET
各実験の共通点
各実験の相違点
実験操作のポイント
演習問題
実験に役立つ参考書
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序
掲載用語のCategory分類目次 ―知りたい分野別に用語を探す
※下記にて掲載内容の一部をご覧になれます
概論―各Categoryの全体像と用語間のつながりを理解する
Category 1 転写機構 Category 2 基本転写因子 Category 3
転写の制御 Category 4 クロマチンレベルの転写制御 Category 5 配列特異
的転写制御因子 Category 6 誘導的遺伝子発現 Category 7 臓器組織特異的転
写制御 Category 8 発生と分化の転写制御 Category 9 癌と転写因子
Category10 転写因子研究法
用語辞典 知りたい用語を詳しく，素早く調べる
転写に関連した因子・用語を解説した辞典．
英名，和名，別名はもちろん関連語からも引けます．
掲載用語の Category 分類目次
category1 転写機構
転写や転写後の過程
転写の素過程 転写単位 基本転写と制御転写 他
転写の必須要素
プロモーター プロモーターエレメント TATAボックス 他
付録：大腸菌の転写機構
アテニュエーター 大腸菌遺伝子の転写開始 ターミネーター 他
Category2 基本転写因子
A：転写開始に関わる因子
RNA pol I系
TIF-I（TIF-IA） SL1 CF 他
RNA pol II系
RNA pol II ホロpol II CTD 他
RNA pol III系
TFIIIA TFIIIB TFIIIC 他
付録：大腸菌
大腸菌のRNAポリメラーゼ σ（シグマ）因子 ρ（ロー）因子
B：転写伸長に関わる因子
転写伸長因子
エロンゲーター SII エロンギン 他
伸長抑制因子
NELF DSIF
Category3 転写の制御
制御転写の概念
コファクター 構成的転写と誘導的転写 エンハンサー 他
付録：大腸菌の転写制御
オペロン Lacオペロン レギュロン 他
Category4 クロマチンレベルの転写制御
A：転写補助因子とクロマチンの化学修飾
メディエーター 哺乳類メディエーター 酵母のHAT複合体 他
B：クロマチンの形成とトポロジー変化
SWI/SNF hSWI/SNF ACF 他
C：クロマチンの構造と制御
ゲノムインプリンティング エピジェネティクス クロマチン 他
Category5 配列特異的転写制御因子
転写制御因子のモチーフ構造
転写制御因子の構造 転写因子結合配列 アルマジロリピート 他
Category6 誘導的遺伝子発現制御
核内受容体
核内受容体 ER オーファン受容体 他
bHLH-PASファミリー
Arnt AhR Per 他
B-ZIP
小胞体ストレス 親電子性物質応答 酸化ストレス 他
その他
COUP-TF NF-κB IκB 他
制御の様式
熱ショック応答 応答配列 シグナル伝達 他
Category7 臓器組織特異的転写制御
筋肉
骨格筋分化の転写制御 MyoDファミリー MEF-2ファミリー
造血／血球
血球分化の転写制御 GATA-1, -2, -3 Tal1/SCL 他
神経系
神経分化の遺伝子制御 HES アクチベーター型神経系bHLH因子 他
内胚葉系臓器
内胚葉系臓器の転写制御 HNF-1〜6 C/EBPα, β 他
心臓
心血管の転写制御 Nkx2.5 MEF2C 他
性分化
生殖腺の性分化を制御する転写因子 Ad4BP/SF-1/ELP M33 他
Category8 発生と分化
前後軸
Drosophilaにおける前後軸決定 Antennapedia Sex combs reduced 他
左右軸
脊椎動物における背腹軸と左右軸の決定 Foxa2 Pitx2 他
エピジェネティクス
エピジェネティクスと発生制御 Polycomb タンパク質 Trithorax タ
ンパク質 他
Drosophilaの器官形成
Drosophilaの器官形成と転写制御 FTZ-F1 Distal-less 他
Xenopusの器官形成
Xenopusの胚発生と転写制御 T/Xbra Gsc 他
Pax遺伝子群
Pax遺伝子群 Pax3 Pax5 他
POU因子群
POU因子群 Brn1, 2 Pit1 他
Delta-Notch シグナリング
Delta-Notchシグナリング
Category9 癌と転写制御因子
概 要
癌原遺伝子 核内癌遺伝子産物 Wntシグナリング 他
発癌促進因子
発癌促進因子 Fos 群因子（c-Fos, FosB, Fra1, Fra2） Jun群因子
（c-Jun, JunD, JunB） 他
癌抑制因子
癌抑制遺伝子 p53 RB 他
その他の因子
TFIIH（ERCC2，ERCC3） ATM VHL 他
Category10 転写因子研究法
トランスクリプトミクス レポーターアッセイ 1-ハイブリッド法 他
Category11 その他
ユビキタス転写制御因子
AP-2 AP-4 C/EBPファミリー 他
ウイルス由来因子
VP16 Tax Tat 他
酵母の転写因子
Gal4 SPT因子群 GCN4 他
その他の転写因子
アクチン/アクチン様タンパク質 Arg5,6
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染色・バイオイメージング実験ハンドブック
細胞や組織の形態・遺伝子・タンパク質を観るための染色法と顕微鏡観察のすべて
序 【高田邦昭】
実験目的別：実験法選択のためのフローチャート 【高田邦昭】
第１章 試料の調製と固定
１．動物組織固定法 【山下修二】
２．組織切片作製法 【秋元義弘，川上速人】
３．培養細胞を形態観察するための試料調製法と蛍光抗体法 【野村隆士，千田隆夫】
４．硬組織の脱灰法 【高野吉郎】
第２章 さまざまな顕微鏡の原理・特徴と観察方法
１．どの顕微鏡法を選ぶか 【高田邦昭】
２．光学顕微鏡の特徴と使用方法 【村上 徹】
３．蛍光顕微鏡 【村上 徹】
４．共焦点顕微鏡 【村上 徹】
５．電子顕微鏡（透過型と走査型） 【依藤 宏】
６．走査型プローブ顕微鏡（SPM） 【牛木辰男，星 治】
第３章 形態をみる
１．どの方法を選ぶか 【川上速人】
２．光顕観察のための組織切片染色とその観察法 【川上速人】
３．透過電顕試料作製と観察法 【依藤 宏】
４．走査電顕試料作製と観察法 【小澤一史】
第４章 遺伝子（DNA）をみる
１．FISH法による染色体，遺伝子の検出 【佐々木功典，池本健三，古屋智子】
２．アポトーシス細胞の観察法 【大槻勝紀，伊藤裕子】
第５章 メッセージ（mRNA）をみる 〜in situ hybridization法
１．特異的RNA分子の発現をみる−利用可能な方法の比較 【小路武彦】
２．mRNA検出のためのin situハイブリダイゼーション 【柴田恭明，菱川善隆，池
田 通，小路武彦】
３．ホールマウントISH 【金井正美】
第６章 タンパク質をはじめとする生体内分子をみる 〜免疫染色を中心として
１．どの方法を選ぶか 【高田邦昭】
２．蛍光抗体法
1）蛍光抗体法の実際 【青木武生，高田邦昭】
2）多重染色法 【萩原治夫，高田邦昭】
３．酵素抗体法 【加藤良平】
４．免疫電顕法
1）どの方法を選ぶか 【高田邦昭】
2）ポストエンベッディング法 【横田貞記】
3）プレエンベッディング法（酵素抗体法） 【竹腰 進，伊東良子，長村義之】
4）プレエンベッディング法（ナノゴールド銀増感免疫電顕法） 【溝口 明，中嶋
久子，加藤由佳，木村一志】
5）凍結超薄切片法 【遠山稿二郎，石田欣二，赤木 巧】
6）SDS処理凍結割断レプリカ標識法（藤本法） 【藤田秋一，藤本豊士】
５．イメージングにおけるタグの利用法 【斎藤尚亮，上山健彦】
６．非抗体分子での染色法 【秋元義弘，川上速人】
７．サウスウェスタン組織化学 【菱川善隆，小路武彦】
８．リン酸化の検出 【河尻愛恵，稲垣昌樹】
第７章 生体分子の動態をみる
１．どの方法（機器・技術）を選ぶか 【柏木香保里，斎藤尚亮】
２．蛍光タンパク質の導入 【柏木香保里，斎藤尚亮】
３．円順列GFP変異体を利用した機能プローブの作製法と２波長励起１波長取得共焦
点イメージング 【永井健治】
４．FRET 〜GFPを用いた FRETによるタンパク質-タンパク質相互作用の可視化
【西 真弓，河田光博】
５．FRAPとFCSを用いた拡散解析 【大橋功治，和田郁夫】
６．ケージド化合物による細胞応答の観察 【西垣卓也，古田寿昭】
７．カルシウムイメージング 【中上拓男，田中秀央，高松哲郎】
８．蛍光インディケーター色素を用いた細胞内pHと細胞内ナトリウムイオンの測定
【山本 卓，田中秀央，高松哲郎】
９．観察のためのセットアップ 【柏木香保里，斎藤尚亮】
第８章 新しい観察システム
１．二光子励起顕微鏡 【大久保洋平，飯野正光】
２．高感度冷却CCDカメラとイメージインテンシファイアー 【最上秀夫】
３．ニポウディスク法 【藤原克次，田中秀央，高松哲郎】
４．全反射蛍光観察法 【小林 剛】
５．ボケを除く処理：デコンボリューション顕微鏡法 【鈴木健史，高田邦昭】
第９章 画像処理から発表まで
１．デジタル画像処理の実際 【宮東昭彦，川上速人】
２．論文投稿や学会発表のための画像処理 【宮東昭彦，川上速人】
３．静止画/動画のファイル形式と画像処理に関する基本原理 【尾野道男】
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