1.三量体Gタンパク質
(榎森康文)
2.低分子量Gタンパク質
(竹中 圭,三木裕明)
3.チロシンキナーゼ
(山梨裕司)
4.MAPキナーゼカスケード
(斎藤春雄)
5.プロテインホスファターゼ
(田村眞理,矢倉英隆)
6.リン脂質シグナリング
(伊集院 壮,竹縄忠臣)
7.NF-κBシグナリング
(井上純一郎)
8.Smadシグナリング
(篠崎正彦,宮園浩平)
9.Wnt/βカテニンシグナリング
(秋山 徹)
10.Fasシグナリング
(須田貴司)
11.Notchシグナリング
(玉井 洋,大隅典子)
12.Jak/Statシグナリング
(伊藤 暢,宮島 篤)
13.ヘッジホッグシグナル経路
(渡辺 晃,多羽田哲也)
第2部【キーワード解説】生命現象からみたシグナル伝達因子
(1)細胞周期
(渡辺信元)
(2)細胞分裂
(張 東威,佐谷秀行)
(3)DNA複製・修復
(浴 俊彦,花岡文雄)
(4)癌[1] 癌遺伝子
(山梨裕司)
(5)癌[2]癌抑制遺伝子
(秋山 徹)
(6)細胞骨格・運動・極性
(三木裕明)
(7)細胞接着[1]細胞−細胞間相互作用
(清水正幸,永渕昭良)
(8)細胞接着[2]集団的細胞運動
(矢野 元)
(9)タンパク質輸送 小胞輸送を中心に
(大野博司)
(10)タンパク質分解
(中山敬一,畠山鎮次)
(11)ストレス応答
(斎藤春雄)
(12)アポトーシス
(丸田英晴,高澤涼子,田沼靖一)
(13)免疫[1]自然免疫とToll-like receptor(TLR)のシグナル伝達
(斉藤伸一郎,三宅健介)
(14)免疫[2]獲得免疫
(大洞将嗣,黒崎知博)
(15)神経[1]神経発生
(前川素子,大隅典子)
(16)神経[2]神経可塑性
(渡部文子,真鍋俊也)
(17)血管新生
(矢花直幸,渋谷正史)
(18)造血とサイトカインシグナル
(伊藤 暢,宮島 篤)
(19)初期発生
(道上達男,浅島 誠)
(20)形態形成
(武井ゆき,多羽田哲也)
(21)骨代謝
(田中 栄)
(22)核内受容体を介するシグナル伝達
(加藤茂明)
(23)感覚受容 五感
(榎森康文)
1.DNA組換え,断片修復のアッセイ〜SCneoおよびレポーターシステム
田内 広
2.リン酸化ヒストンH2AXを用いたDNA損傷部位の検出とその応用
鈴木啓司,鈴木正敏,渡邉正己
3.動物細胞の染色体維持機構の解析〜ニワトリDT40細胞を用いた条件致死株作製と表現型解析
園田英一朗,菊池浩二,岡 勇人,武田俊一
4.ChIP-chip法による染色体動態の解析法 〜タンパク質-DNA相互作用の網羅的解析
加藤由起,白髭克彦
1.DNAメチル化解析の技法〜MSP法とbisulfite sequencing法
古田淳一,牛島俊和
2.ヒストンのアセチル化とメチル化の解析〜クロマチン免疫沈降法
藤井誠志
3.ゲノムインプリンティングの解析〜親由来により異なる遺伝子発現の検出
三ツ矢幸造,押村光雄
4.メチル化DNA結合タンパク質の解析〜ゲルシフト法とレポーターアッセイ
渡邉すぎ子,市村隆也,坂本快郎,中尾光善
5.ヌクレオソームの再構成法とその構造解析法
佐伯英昭,浦 聖恵
6.ショウジョウバエ胚抽出液によるクロマチン形成法
伊藤 敬
1.生細胞マルチカラー蛍光イメージング
原口徳子,荒神尚子,平岡 泰
2.クロマチンタンパク質のFRAP解析〜結合・解離速度の測定
木村 宏
3.転写・翻訳の生細胞イメージング
塚本利朗
4.核内RNA/DNAの三次元FISH
齋藤辰朗,奥村克純
5.核内染色体の三次元FISH
田辺秀之
6.DNAファイバーFISH〜動物細胞ゲノムの複製フォーク進行過程の解析
杉村和人,竹林慎一郎,奥村克純
7.クロマチンの原子間力顕微鏡観察
日詰光治,吉村成弘,竹安邦夫
1.SKY-FISH による染色体同定と遺伝子マッピング
松井制一
2.Q-FISHを用いたテロメア長測定法
神森 眞,田久保海誉
3.染色体の細胞への導入技術〜微小核細胞融合法を用いたヒト染色体導入技術
木村元思,押村光雄
4.染色体改変技術
綾部文明,香月康宏,押村光雄
5.核移植技術〜マウス体細胞クローン胚作製法
井上貴美子,小倉淳郎
クロマチン研究に有用なウェブサイト
三ツ矢幸造,押村光雄
1. 細胞培養実験法のストラテジー
【黒木登志夫】
2. いろいろな培養法
【許 南浩】
3. 研究によく使われる細胞
【許 南浩】
4. 培養細胞や,細胞に関する情報の入手法 −細胞バンクの役割
【水澤 博】
5. 細胞培養の倫理問題,特許
【増井 徹】
1. 培養の設備,機器,器具
【宮崎正博】
2. 洗浄,滅菌
【宮崎正博】
1. 培地の特徴と選び方
【星 宏良】
2. 無菌作業
【宮崎正博】
3. コンタミネーション(微生物,マイコプラズマ,細胞)の防止
【榑松美治】
4. 細胞の剥離
【宮崎正博】
5. 株細胞の継代
【宮崎正博】
6. 細胞の凍結保存・輸送方法
【榑松美治】
7. クローニング
【宮崎正博】
1. 細胞増殖の判定法 −増殖曲線,MTTアッセイ
【許 南浩】
2. 基質依存性増殖/アノイキス(Anoikis)
【安達正晃】
3. 細胞周期研究法
【田原栄俊 井出利憲】
4. 培養細胞におけるアポトーシスの分析法
【木口 薫】
5. 細胞の不死化
【田原栄俊 井出利憲】
1. 一般的な観察法
【河野葉子】
2. 免疫染色
【高石樹朗】
3. GFP可視化技術を用いたオルガネラ動態観察
【加納ふみ 村田昌之】
4. 細胞運動観察法
【矢野 元 佐邊壽孝】
5. FISH法による染色体解析
【久郷裕之 押村光雄】
1. トランスフェクション
【大場 基】
2. ウイルスベクター
【大場 基】
3. 動物細胞への染色体導入
【甲斐義輝 香月康宏 押村光雄 】
4. タンパク質導入法
【阪口政清】
5. 細胞融合法
【則兼聡子 井上敏昭 押村光雄】
1. 細胞からのRNAの抽出と解析 −ノーザン解析,RT-PCR
【高石樹朗】
2. ウエスタンによる細胞内のタンパク質の解析
【高石樹朗】
3. タグ融合タンパク質
【高石樹朗 】
1. アンチセンス法
【阪口政清】
2. RNAi
【阪口政清】
3. ドミナントネガティブ法
【大場 基 】
1. 細胞分画法
【野瀬 清】
2. プロテインキナーゼ活性測定法
【山本利義 松崎秀紀 吉川 潮】
1. 線維芽細胞
【加治和彦】
2. ケラチノサイト
【柏木麻里子】
3. 肝細胞
【宮崎正博】
4. 血液細胞
【坂本明美 徳久剛史】
5. 神経細胞
【藤田恵理子 桃井 隆】
6. 血管内皮 −初代培養内皮細胞
【渋谷正史】
1. ヒトES細胞
【國貞隆弘】
2. マウスES細胞
【徳永智之 古澤 軌】
3. ヒト骨髄間葉系幹細胞
【手塚建一】
4. SP細胞
【松崎有未】
5. 神経幹細胞
【森 英樹 小林 哲 三宅 淳 金村米博】
1. フィーダー細胞によるES細胞の維持と分化誘導
【國貞隆弘 青木仁美 本橋 力】
2. 成体多能性幹細胞から筋肉への分化
【六車ゆかり】
3. 細胞外基質の役割
【寺谷 工 落谷孝広 】
4. 細胞培養に使用される担体 −間葉系細胞と硬組織再生を中心にして
【町田浩子 池田悦子 大串 始】
5. 培養内組織形成 −三次元培養法
【許 南浩】
6. 動物への細胞移植
【許 南浩】
7. ES細胞から中胚葉系細胞への分化方法
【江良択実 西川伸一】
1.ユビキチン発見前夜
2.APF-1の同定からユビキチンの発見へ
3.Hershkoによる“ユビキチン仮説”の提唱
4.Varshavskyの遺伝学的研究
5.プロテアソームの発見
6.ユビキチンバイオロジー研究の発火点
7.その後のユビキチン研究について
[基本編]
第1章 ユビキチンとは
(田中 啓二)
1.ユビキチンとは何か
1.ユビキチン
2.ユビキチン遺伝子
2.ユビキチンシステム
1.ポリユビキチン化修飾
2.モノユビキチン化修飾
3.E1(ユビキチン活性化酵素)
4.E2(ユビキチン結合酵素)
5.E3(ユビキチン連結酵素)
6.E4(ユビキチンポリマー延長化因子)
7.脱ユビキチン酵素
8.N末端ルール
3.UBL(ユビキチン類似タンパク質)
4.ユビキチンフォールド
5.プロテアソーム
1.20Sプロテアソームと26Sプロテアソーム
2.プロテアソーム阻害剤
第2章 プロテアソーム
(村田 茂穂 平野 祐子)
1.プロテアソームの進化
2.20Sプロテアソーム
3.19S複合体
4.プロテアソーム活性化因子
5.おわりに
第3章 ユビキチンの構造生物学
(藤原 健一朗 白川 昌宏)
1.ユビキチン・ユビキチン様タンパク質の構造
1.ユビキチン
2.ユビキチン様タンパク質(UbL)
3.原核生物におけるユビキチン様タンパク質
2.ユビキチン化酵素群の構造
1.E1
2.E2
3.E3
4.脱ユビキチン化酵素
3.ユビキチン結合ドメインの構造
4.ポリユビキチンの構造
第4章 ビキチンシステムのコーディネーター:ユビキチンリガーゼ
(佐伯 泰 横沢英良)
1.ユビキチンリガーゼの多様性
2.ユビキチンリガーゼの分類
1.HECT型ユビキチンリガーゼ
2.RING型ユビキチンリガーゼ
3.U-box型ユビキチンリガーゼ
3.ユビキチン鎖のタイプとユビキチンリガーゼ
4.ユビキチンリガーゼ研究の展望
第5章 ユビキチン系による基質識別の制御機構
(岩井 一宏)
1.E3の活性制御
1.アロステリック制御
2.リン酸化制御
3.量的制御
2.選択的ユビキチン化に関わる基質側の要因
1.基質の翻訳後修飾
2.補助タンパク質
3.おわりに
第6章 脱ユビキチン化酵素
(小松 雅明 八代田 英樹)
1.脱ユビキチン化酵素の構造による分類
2.脱ユビキチン化酵素の機能的分類
1.前駆体のプロセシング
2.ユビキチンの再生
3.イソペプチド結合の切断
3.最近のトピックス
1.癌と脱ユビキチン化酵素
2.パーキンソン病と脱ユビキチン化酵素
4.おわりに
第7章 ユビキチン関連モディファイヤーシステム
(千葉 智樹)
1.UBLの構造と共有結合反応
2.SUMOファミリータンパク質
3.NEDD8
4.真核生物に保存されているそのほかのUBL
5.多細胞生物から出現するUBL
6.おわりに
第8章 オートファジー −リソソームによる細胞質分解−
(水島 昇)
1.オートファジーの膜動態
2.オートファジーの意義と疾患
3.オートファジーの分子機構
4.オートファジー研究を巡る問題点
[トピックス編]
1.ユビキチンと細胞周期
(中山 敬一 中山 啓子)
1.M期を制御するユビキチンリガーゼAPC/C
1.APC/Cの構造
2.APC/Cの標的分子
3.細胞周期におけるAPC/Cの機能
4.Cdc20からCdh1へのスイッチング
2.G1〜S〜G2期を制御するユビキチンリガーゼSCF複合体
1.SCF複合体の多様性を生み出すメカニズム
2.細胞周期に関与するSCF複合体の標的分子
3.SCF複合体によるCDKインヒビターの分解
4.Skp2,Fbw7,Fbw1のノックアウトマウス
5.癌タンパク質Skp2と癌抑制タンパク質Fbw7による増殖制御
3.おわりに
2.ユビキチンとアポトーシス −IAPを中心に−
(高橋 良輔)
1.アポトーシス阻害タンパク質(IAP)とは
2.ショウジョウバエにおけるIAPとそのE3活性
3.哺乳類におけるIAPとそのE3活性
3.ユビキチンとDNA修復
(伊藤 伸介 田中 亀代次)
1.ヌクレオチド除去修復
2.転写と共役した修復とユビキチン化
3.ゲノム全体の修復とユビキチン化
4.CSA,DDB2複合体とユビキチンリガーゼ
5.CSA複合体,DDB2複合体によるTCR,GGR機構の制御
6.おわりに
4.ユビキチンと神経変性疾患
(長岡 詩子 貫名 信行)
1.ユビキチンとアルツハイマー病(AD)
2.ユビキチンとパーキンソン病(PD)
3.ユビキチンと筋萎縮性側索硬化症(ALS)
4.ユビキチンとポリグルタミン病
5.おわりに
5.ユビキチンとERAD −タンパク質の品質管理−
(吉田 雪子)
1.ERADの基本経路
2.酵母のERADにおけるユビキチンリガーゼ(E3)
1.Hrd1/Der3
2.Rsp5
3.Doa10
3.哺乳類のERADにおけるE3
1.gp78/AMFR
2.CHIP
3.Parkin
4.SCFFbs1(FBG1/Fbx2/NFB42)およびSCFFbs2(FBG2/Fbx6b)
4.おわりに
6.細胞内メンブレントラフィックとユビキチン化
(松田 憲之 中野 明彦)
1.ユビキチン結合タンパク質
2.ユビキチンの関与するメンブレントラフィック経路
3.ゴルジ体および細胞膜における小胞への積み込みとユビキチン化
4.MVBおよびウイルスの出芽時における小胞への積み込みとユビキチン化
5.おわりに
1.NF-κBシグナルに関与するユビキチン化
2.IKK活性化に関与する非分解系ユビキチン化
3.NF-κBシグナルを負に制御する脱ユビキチン化酵素CYLD
4.2つのユビキチン様分子のNF-κBシグナルへの関与
5.Wntシグナルにも関与するSCFFbw1複合体
6.TGF-βシグナルとユビキチン化
7.Notchシグナルとユビキチン化
8.今後の研究の展開
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