1 情報とは何か
2 バイオは情報環境を必要とする
3 2003年から未来へ
4 本書の構成

第1章　配列の相同性（宮崎 智）

1 配列の相同性を評価するには？
2 相同性検索入門
3 配列アライメントの有意性の評価とe-value

第2章　配列の整列（アライメント）（深海-小林 薫）

1 なぜ配列を整列させるのか
2 ダイナミックプログラミングによる配列の整列とは
3 3本以上の配列の整列（多重整列）のためのアルゴリズム
4 スコア行列とギャップペナルティは，どのように決められているか
5 多重整列から何を読みとるか

第3章　生物と生命現象の分類・同定の手法（菅原 秀明）

1 表現形質による分類：階層的クラスター分析
2 表現形質による分類：主成分分析
3 遺伝子配列による分類
4 遺伝子発現パターンの分類

第4章　タンパク質立体構造のバイオインフォマティクス（太田 元規）

1 立体構造を知る
2 立体構造を見る
3 二次構造をアサインする
4 立体構造を分類する
5 二次構造予測
6 立体構造予測

第5章　パスウェイからみた遺伝子・ゲノム情報の活用（五十嵐 芳暢　五斗 進）

1 KEGG
2 KO & SSDB
3 代替経路の探索
4 KEGG/EXPRESSIONデータベース
5 ほかのパスウェイデータベース

第6章　ゲノム配列のアノテーション（野口 英樹）

1 ゲノムからの遺伝子探索
2 アノテーションの利用
3 今後の展開

1　主要組織適合性抗原結合性ペプチド予測（宇高 恵子　馬見塚 拓）

1 ポジショナルスキャニング
2 質問学習法
3 Qbag法とライブラリー法によるMHC結合性ペプチド探索

2　遺伝子・ゲノムと機能の分子進化学的解析（遠藤 俊徳）

1 「相同である」ことと「相同性検索」
2 遺伝子の突然変異と分子進化
3 正の自然淘汰と進化速度の加速
4 遺伝子重複と機能分化
5 超優性（Overdominance）と多様性
6 分子系統樹
7 標準化系統樹
8 比較ゲノム解析と進化

3　細胞反応のシミュレーション（土井 淳　長崎 正朗　松野 浩嗣　宮野 悟）

1 細胞反応の表現とGON
2 細胞反応のシミュレーション

4　多型情報解析とシミュレーション（遠藤 俊徳）

1 遺伝子とローカス・アリール
2 形質とフィノタイプ・ジノタイプ
3 連鎖不平衡とローカスマーカー
4 シミュレーション
5 今後の展望

5　データベースから出発する創薬（松尾 洋）

1 ゲノムから構造化プロテオームへ
2 残された創薬ターゲット
3 マルチターゲティング創薬の可能性と必然性
4 バイオインフォマティクスの技術革新

6　薬物代謝酵素P450データベース（北島 正人）

1 P450遺伝子アノテーションデータベース
2 薬物代謝情報データベース

7　Real time PCRと系統アレイを用いた微生物相の網羅的解析方法（江崎 孝行）

1 マイクロアレイに固定する細菌の種類
2 微生物に共通なDNAの抽出方法
3 遺伝子増幅
4 Realtime monitor
5 PCR産物標識とマイクロアレイを使った解析
6 常在菌の中の病原体の推測

1 タンパク質の構造とドメイン
2 タンパク質の基本的扱い方
3 タンパク質の構築と運命
4 タンパク質の機能
5 タンパク質の機能調節と翻訳後修飾
6 タンパク質の動きを可視化する

第1章　タンパク質とは何か（末次 志郎）

1 タンパク質の構造
　1）一次構造
　2）二次構造
　3）三次構造
　4）四次構造
2 触媒活性（酵素活性）
3 タンパク質の分離同定
　1）電気泳動
　2）タンパク質の可溶化，分画
　3）カラムクロマトグラフィー
　4）ペプチドシークエンスと質量分析
4 今後の展開

第2章　タンパク質合成（姫野 俵太）

1 翻訳装置
　1）tRNA
　2）mRNA
　3）リボソーム
2 翻訳プロセス
　1）アミノアシル化
　2）開始
　3）伸長
　4）終結
3 変則的翻訳と翻訳レベルにおける遺伝子発現調節

第3章　分子シャペロン（南 康文）

1 さまざまな分子シャペロンの共同作業
2 タンパク質合成の初期に活躍するHsp70
3 大腸菌と真核生物のシャペロニン
4 ベールを脱ぎ始めたHsp90

第4章　細胞内タンパク質分解―メカニズムとバイオロジー（田中 啓二）

1 細胞内タンパク質分解機構
2 ユビキチンシステム
3 プロテアソームシステム
4 リソソーム/液胞システム
5 多種多様なタンパク質分解システム

第5章　タンパク質の輸送と細胞内局在（中山 和久　中村 暢宏　申 惠媛）

1 小胞輸送の基本過程
2 被覆小胞の種類と機能
　1）COPII被覆小胞
　2）COPI被覆小胞
　3）クラスリン被覆小胞　
3 輸送小胞と標的オルガネラ膜との融合
4 ゴルジ体槽間の輸送―槽成熟モデル　

第6章　ドメイン構造（神田 大輔）

1 タンパク質ドメインとは
2 ドメインの発見と命名
3 多様なドメインの種類
4 ドメインの機能
5 ドメインの立体構造
6 2つのドメインの組合わせ
7 モザイクアーキテクチャーによるタンパク質のデザイン
8 ドメインの相対配置変化による機能調節
9 特化した生化学機能をもつドメイン
10 多機能ドメイン
11 ドメインの利用

第7章　タンパク質修飾―リン酸化，アセチル化，メチル化（河尻 愛恵　稲垣 昌樹）

1 タンパク質のリン酸化
　1）キナーゼ自身の構造変化によるリン酸化と活性化機構
　2）細胞周期におけるタンパク質のリン酸化・脱リン酸化による制御
　3）細胞骨格のリン酸化による構築制御
　4）タンパク質リン酸化を介したシグナル伝達
2 タンパク質のアセチル化
3 タンパク質のメチル化　

第8章　細胞の形とタンパク質（山城 佐和子　馬渕 一誠）

1 細胞骨格タンパク質の基本的性質
　1）アクチン
　2）微小管
　3）中間径フィラメント
2 アクチン細胞骨格の調節機構
　1）アクチン調節タンパク質
　2）アクチン調節タンパク質の活性制御機構
　3）Rhoファミリータンパク質

1　研究用タンパク質試料の大量発現（本庄 栄二郎　黒木 良太）

1 タンパク質発現の目的と宿主の選択
2 大腸菌でのタンパク質発現とリフォールディング
　1）可溶性球状タンパク質
　2）封入体とリフォールディング
3 分泌発現
　1）分泌タンパク質
　2）膜タンパク質
4 タンパク質大量発現のための工夫
　1）使用コドンの変更
　2）融合発現
　3）ドメイン領域ごとの発現
　4）構造の不安定化要因の除去

2　原子レベルでの高次構造解析（池上 貴久　中川 敦史）

1 X線結晶構造解析
　1）X線結晶構造解析の特徴
　2）最新のX線結晶構造解析法
2 NMR
　1）立体構造の解析
　2）動的構造の解析
　3）相互作用部位の解析など

3　プロテオーム解析の最新技術と展望（石濱 泰　小田 吉哉）

1 質量分析（MS）によるタンパク質の分析
2 基礎研究におけるプロテオミクスの現状
3 相互作用解析
4 翻訳後修飾解析
5 プロテイン・アレイ
6 臨床プロテオミクスから創薬プロテオミクス

4　タンパク質の構造変化・代謝異常と神経変性疾患（多留 偉功　中矢 正　鈴木 利治）

1 アルツハイマー病
　1）原因タンパク質
　2）Aβペプチド
　3）Aβワクチン療法
2 プリオン
　1）プリオン病
　2）プリオンタンパク質
　3）治療法

5　蛍光タンパク質が面白い理由（宮脇 敦史）

1 蛍光タンパク質の研究の歴史
2 GFPの発色団のでき方
3 GFPが蛍光を発する理由
4 異なるスペクトルを示すGFP変異体
5 オワンクラゲGFP以外の蛍光タンパク質
6 蛍光タンパク質へのこだわり

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