目的のデータベース，ウェブツールの探し方 【中村保一　石川 淳】
本書を読む前に知っておきたい重要用語 【荒 武】

No.1　NCBI-BLAST 【中村保一】
　高速かつ多機能な，配列データベースとの類似検索サイトの決定版

No.2　GeneMarkTM 【黒川 顕】
　塩基配列を入力することで，遺伝子領域を予測することができる

No.3　DBTSS/TRANSFA 【鈴木 穣】
　2つのデータベースの連携によりヒト遺伝子の転写開始点の同定とプロモーター配列の解析ができる

1 類似検索

No.4　PSI-BLAST 【藤田信之】
　反復処理により類似アミノ酸配列を高感度で検索する，BLAST法の発展形

2 マルチプルアラインメント

No.5　DDBJにおけるCLUSTALW 【今西 規】
　DNA配列やタンパク質配列データのアラインメントを作成するための標準的なソフト．
　日本DNAデータバンクで公開されているサービスを使えば，簡単な操作で高度な機能を使うことができる

3 モチーフ・プロファイル検索

No.6　MOTIF 【菊野玲子】
　手もとにあるアミノ酸配列に，どのようなモチーフやドメインが含まれているかをウェブ上で簡単に調べることができる

No.7　ProDom 【菊野玲子】
　手もとにあるアミノ酸配列に，どのようなドメインが含まれているか，またそのドメインをもつ他のタンパク質についての情報や進化的な関係をウェブ上で簡単に調べることができる

No.8　Pfam 【菊野玲子】
　手もとにあるアミノ酸配列について，そのドメイン構成とファミリー分類の結果をウェブ上で簡単に調べることができる

4 タンパク質の細胞内局在化予測

No.9　PSORT 【中尾光輝　中井謙太】
　タンパク質の細胞内局在化シグナルと局在部位の総合的な予測ができる

No.10　SOSUI 【広川貴次】
　アミノ酸配列から物理化学的手法により高速に膜タンパク質を判別できる

5 二次構造予測

No.11　The PredictProtein server 【礒合 敦】
　タンパク質の解析ならここにおまかせ

6 高次構造分類比較・予測

No.12　PDB 【岩舘満雄　梅山秀明】
　タンパク質やその複合体などの立体構造情報が手に入る

No.13　FAMS 【岩舘満雄　梅山秀明】
　類縁の立体構造情報からタンパク質の立体構造モデルを構築できる

No.14　SCOP 【中村保一】
　専門家の判断基準による分類が特徴的なタンパク質ドメイン立体構造分類データベース

1 発現プロファイル

No.15　READ 【坊農秀雅】
　理研cDNAマイクロアレイによる遺伝子発現パターンが簡単に検索，閲覧できる

2 パスウェイ

No.16　KEGG 【平川美夏】
　物質から生物へ，パスウェイがデータに命を吹き込む統合データベース

3 プロテオミクス

No.17　ExPASy Proteomics tools 【高田耕司】
　プロテオーム関連の研究に有用な各種ツールがそろう

No.18　Entrez 【礒合 敦】
　情報通になれる検索ならここ！世界最大のバイオインターネットリソースから出発しよう！

No.19　PubMed 【石川 淳】
　医学・生物学関係の文献検索の定番

No.20　特許電子図書館IPDL 【大井 隆】
　IPDL（特許電子図書館IPDLとも称す）は，日本国特許庁が開いているインターネット上のバーチャル図書館．
　この中には産業所有権と総称される特許，実用新案，意匠， 商標に関する公報が蓄積されている

1 試薬・化合物 デーベース

No.21　Siyaku.Com 【竹内浩昭】
　インターネットでほしい試薬が見つかる！買える！サイト

2 セル・遺伝子バンク

No.22　RIKEN BRC Database 【岩瀬 秀　小幡裕一】
　バイオリソースの検索・提供

No.23　厚生労働省研究資源バンク情報　【水澤 博】
　厚生労働省研究資源バンクで保存管理している，培養細胞，遺伝子，マウス胚，ヒト組織研究資源の情報が
　統合化されている

No.24　BrNet 【水澤 博】
　あらゆる生物系研究資源の情報をまとめて検索できるポータルサイト

No.25　ATCC 【水澤 博】
　海外の生物系研究資源情報データベース．さまざまな生物系の研究資源を収集して分譲している世界的に著名な研究資源バンク

No.26　ゲノムネット 【福本淳司】
No.27　MIPS 【荒　武】
No.28　GO 【山崎由紀子】

　No.29　Readseq 【石川 淳】
　No.30　Compute pI/Mw tool 【礒合 敦】
　No.31　Primer3 【矢野健太郎】
　No.32　Ms-Fit 【佐塚隆志】
　No.33　ENZYME 【高田耕司】
　No.34　BRENDA 【高田耕司】

1.分子生物学の領域 【田村隆明】
2.遺伝と遺伝子 【田村隆明】
3.細胞 【田村隆明　鈴木 理】
4.DNA 【田村隆明】
5.RNA 【田村隆明】
6.タンパク質 【田村隆明】

1.DNAの複製 【多田周右　榎本武美】
2.転写機構 【中太智義　田村隆明】
3.翻訳 【渡辺公綱　鈴木 勉　姫野俵太】
4.突然変異と修復 【花岡文雄】
5.遺伝子組換え 【篠原 彰　小川智子】

1.大腸菌の遺伝子 【加納康正】
2.バクテリオファージ 【米崎哲朗】
3.プラスミド 【加納康正】

1.ゲノムの構造 【木南 凌】
2.クロマチン 【安井 潔　伊藤 敬】
3.エピジェネティクス 【中尾光善】
4.転写制御機構 【嶋田美穂　田村隆明】
5.転写後調節 【中村義一】
6.スプライシング 【遠藤仁司　水本清久】
7.タンパク質の制御 【水島 昇　大隅良典】

1.核酸の性質と解析 【榎森康文　野村信夫】
2.核酸の分離と構造解析 【谷口武利】
3.遺伝子工学 【丸山和夫）
4.遺伝子の発現機能解析 【渡邉俊樹　今井順一　渡辺慎哉　長野光司　花房 洋　松本邦弘】
5.個体を用いる方法 【浅野雅秀】

1.細胞間相互作用 【永渕昭良】
2.細胞刺激 【灰野 誠　松島綱治】
3.シグナル伝達 【後藤由季子】
4.細胞骨格 【藤本宏隆　馬渕一誠】
5.モータータンパク質 【井上裕一　柳田敏雄】
6.核膜の機能 【柴田理志　米田悦啓】
7.細胞周期 【野島 博】
8.アポトーシス 【田沼靖一】

1.細胞の癌化と癌遺伝子 【渋谷正史】
2.免疫系による認識と反応の分子機構 【渡邊 武】
3.発生の制御機構 【浅島 誠　駒崎伸二】
4.哺乳類器官形成 【正木めぐみ　瀬原淳子　新井文用　須田年生　栗原裕基　田中 栄】
5.神経系の分化と形成 【落合 和　中島欽一　田賀哲也】
6.神経の可塑性と記憶・学習 【神谷温之　真鍋俊也】
7.老化 【石井直明】

1.構造生物学 【渡邊太一　廣明秀一　白川昌宏】
2.ゲノムワイドな生命現象の解析 【水島-菅野純子　菅野純夫　田村隆明　鈴木治和　宮野 悟　斎藤成也】
3.再生生物学 【帯刀益夫　吉田進昭　芝田晋介　岡野栄之　清田 純　中内啓光　中畑龍俊】
4.ゲノム医学 【前田豊樹　谷 憲三朗】

1.細胞の分化
2.幹細胞ってなに？
3.幹細胞からの分化モデル
4.幹細胞の「ニッシェ」
5.幹細胞の共通原理

1.いろいろな幹細胞
2.造血幹細胞
3.神経幹細胞
4.上皮系幹細胞
5.肝臓幹細胞
6.骨格筋幹細胞
7.間葉系幹細胞
8.精原幹細胞
9.そのほかの幹細胞

1.「全能性」の細胞
2.マウス胚性癌細胞（EC細胞）
3.マウス胚性幹細胞（ES細胞）
4.ヒト胚性幹細胞
5.ヒトES細胞の試験管内分化誘導
6.ほかの動物の胚性幹細胞

1.細胞の分化転換
2.神経幹細胞が造血幹細胞に？
3.神経幹細胞の分化能
4.骨髄細胞の分化能
5.骨格筋に存在する造血幹細胞
6.本当に幹細胞の分化転換は起こっているのか？
7.ふたたび，幹細胞ってなに？

1.クローンとは
2.初期胚核移植クローン動物
3.体細胞核移植クローン動物の誕生
4.核移植の方法論
5.移植核のリプログラミング
6.クローン動物における異常
7.ES細胞からの核移植クローンマウス
8.体細胞のエピジェネティックな変化とリプログラミング
9.クローン動物におけるテロメア長の制御とリプログラミング
10.核移植とインプリンティング
11.核移植クローン動物の利用

1.臓器幹細胞の利用
2.ヒトES細胞の利用
3.ヒトES細胞利用の問題点
4.幹細胞分化転換の利用
5.クローン技術の医療への利用
6.臨床応用の可能性は？

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