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| 羊土社 2002年11月の書籍 |
◆ 出版社 ◆ 羊土社 〒101−0052 東京都千代田区神田小川町2-5-1 TEL 03-5282-1211 FAX 03-5282-1212 URL https://www.yodosha.co.jp/ |
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1．ハイブリダイゼーション
2．Affymetrix社のGeneChip技術
3．スポット型アレイ
4．Serial Analysis of Gene Expression（SAGE）法
5．用例：Affymetrix型チップとスポット型アレイの比較
2章 データ解析のあらまし
3章 データ解析の基本
1．遺伝子発現レベルの数値化
2．スケール化
3．はずれ値の検出
4．倍率変化
5．有意性
4章 次元を減らして視覚化する
1．主成分分析（PCA）
2．用例1：小さなデータ行列に関するPCA
3．用例2：実在のデータについてのPCA
5章 クラスター解析
1．階層型クラスター化法
2．K-meansクラスター化法
3．自己組織化マップ（SOM）
4．距離係数
5．標準化
6．クラスターの視覚化
6章 クラスター解析の先にあるもの
1．遺伝子機能予測
2．プロモーター領域における調節要素の探索
3．データの統合
7章 調節ネットワークのリバースエンジニアリング
1．時系列でのアプローチ
2．定常状態でのアプローチ
3．ネットワークモデルの限界
4．用例1：定常状態モデル
5．用例2：実際のデータに基づく定常状態モデルその1
6．用例3：実際のデータに基づく定常状態モデルその2
7．用例4：線形時系列モデル
8章 分類器として使うには
1．分類法の概要
2．用例1：癌のサブタイプを分類するその１
3．用例2：癌のサブタイプを分類するその２
9章 アレイにスポットする遺伝子を選択する
1．遺伝子探索
2．遺伝子内での領域の選択
3．PCRプライマーの選択
4．ユニークなオリゴマープローブの選択
5．実験デザイン
10章 発現解析の限界
11章 遺伝子型解析チップ
1．用例：GeneChip予測に対するニューラルネットワーク
12章 ソフトウェアの問題とデータフォーマット
1．標準化の試み
2．標準ファイル形式
3．クラスター化ソフトウェア
4．統計解析用ソフトウェア
13章 市販の解析ソフトウェア
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