1 ゲノムサイエンスの推進とプロテオーム・プロテオミクス研究の役割
2 プロテオーム研究の全体像

I．プロファイリング技術の現状と展望

II．二次元電気泳動法によるプロファイリング

1 プロテオームマップ作成法
2 プロテオームマップのデータ取り込み／画像解析法(1)
3 プロテオームマップのデータ取り込み／画像解析法(2)
4 特異的検出法を用いたプロファイリング
　a）各種の特異的検出法
　b）リン酸化タンパク質の検出

III．多次元クロマトグラフィー法によるプロファイリング

1 二次元クロマトグラフィー法によるプロファイリング（マニュアル法）
2 二次元クロマトグラフィー法によるプロファイリング（自動化法）

IV．同位体ラベル法によるプロテオーム変動解析

I．タンパク質同定技術の現状と展望

II．質量分析による同定法

1 MS/MSスペクトルに含まれる部分配列情報を利用した同定法（質量タグ法）
2 de novo sequencingのための解析ソフトウェア
3 翻訳後修飾の同定法

III．逐次分解による同定法

1 エドマン分解法による同定
2 C-末端解析による同定

I．総括的タンパク質間相互作用解析法の現状と展望

II．アフィニティーキャプチャーを利用した相互作用解析法

1 エピトープ・タグを用いたグループ特異的沈降法による相互作用解析法
2 リン酸化ペプチドを用いた解析

III．カラムスイッチング技術を利用した相互作用解析法

IV．BIA-MSによる相互作用解析法

V．バイオインフォマティクスによる相互作用解析

1 構造生物学からのアプローチ
2 構造ゲノム学からのアプローチ

1 プロテオームデータベースの現状と課題
2 プロテオームデータベース作成法

I．ゲノム解析完了微生物と高等植物へのプロテオーム解析の適用

1 枯草菌のプロテオーム解析
2 ラン藻のプロテオーム解析
3 線虫のプロテオーム解析
4 植物のプロテオーム解析

II．プロテオミクスを用いた細胞内情報解析と医学･薬学への応用

1 発生過程のプロテオーム解析
2 小脳形成期のプロテオーム解析
3 アルツハイマー病のプロテオーム解析
4 細胞老化 および 不死化 における研究
5 創薬の戦略としてのプロテオーム解析
　a）サロゲートの同定から薬理プロテオミクスまで
　b）細胞膜タンパク質のプロテオーム解析

1 自動化とマイクロフルイディクス

概論−ゲノムテクノロジー開発の最前線
【馬場嘉信】

次世代DNAシークエンサー　〜マイクロチップ，DNA１分子解析技術などによる高速化〜
【平野 研　馬場嘉信】

マイクロマシニング技術を活用した集積型マイクロチップ技術開発の最前線
【中西博昭】

DNAマイクロアレイ機器開発の最前線
【近藤直人】

DNA診断に最適な次世代DNAチップ
【竹中繁織】

プロテオミクスのための質量分析最新技術
【小田吉哉】

プロテイン・バイオチップ開発の最前線
【有國 尚】

ゲノムテクノロジーの開発を進めるベンチャー企業
【武内 勇　安達 稔】

《Bio Now〜バイオ経済・産業ニュース》
再生医療ベンチャー，実用に向け設立相次ぐ その他【北川兼秀】

《現地徹底取材！ バイオ超大国アメリカを斬る！　最終回》
IT大手企業，バイオ情報学に期待【高木あやか】

《インタビュー》
東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター 高木利久
東京大学大学院理学系研究科生物化学 西郷 薫
「バイオインフォマティクスのトップランナーを育てたい！」【編集部】

《ベンチャー世代のステューデント・パワーの挑戦　第３回》
「バイオベンチャー体験記」【大野一樹】

《イラストでみる やさしい先端バイオ　最終回》
ゲノムと生物のミステリー【胡桃坂仁志】

《トレンド・ペーパー》
核移植によるマウス大脳皮質神経細胞の全能性の解析【山崎由起子　八木 健】
虹彩による視細胞の再生をめざして【春田雅俊】
低酸素誘導性遺伝子発現を抑制する新規分子IPASの発見【牧野雄一　田中廣壽】

《ベンチャーラボ便り》
サイエンスとビジネスに対する両方の眼識を兼ね備えた企業〜BioZak社〜【Ryan Baidya】

《全国TLO紹介》
第6回　関西TLO株式会社【中村卓爾】

《先端 テクノロジー＆プロトコール》
アテロコラーゲンによる細胞での遺伝子発現アレイ法 【本間紀美　落谷孝広】

《かならず役立つ バイオインフォマティクス入門　最終回》
バイオインフォマティクスと産業【坊農秀雅】

《本気で取りたい人のための バイオ特許入門　最終回》
　　特許をめぐる裁判【隅藏康一】

1. 全ゲノム配列からのタンパク質立体構造の予測
　 福地佐斗志，西川　建

2. タンパク質のドメイン構造 −機能ドメインと構造ドメイン
　 西村善文

3. インフォマティクスを利用した探索と機能解析
　 大川和史，松末朋和

4. 病態プロテオミクス方法論の現状と課題
　 川上隆雄，西村俊秀

5. タンパク質の翻訳後修飾の解析
　 平野　久，岩船裕子

6. バイオセンサーを用いたタンパク質相互作用解析
　 夏目　徹

7. 無細胞タンパク質合成システム
　 清水義宏，上田卓也

1. 分子機能解析

1. ミオシンスーパーファミリータンパク質の多彩な機能
　　須藤和夫

2. 生理活性ペプチドの立体構造と受容体との相互作用
　 −Gタンパク質共役型受容体に結合したペプチドリガンドの構造
　 白川昌宏

3. シグナル伝達分子のバイオイメージング
　 望月直樹

2. タンパク質の修飾および局在化と機能発現

1. 硫酸化グリコサミノグリカン糖鎖によるタンパク質への機能付加
　 −高度に進化したプロテオグリカン分子
　 菅原一幸，三上雅久

2. ユビキチン・プロテアソーム系による細胞機能制御
　 畠山鎮次，中山敬一

3. 膜タンパク質のトポジェネシス
　 −細胞内配置と膜内構造構築の研究
　 阪口雅郎

4. 核-細胞質間タンパク質輸送の基本メカニズム
　 小瀬真吾，今本尚子

5. 細胞間をシールする接着分子クローディンファミリー
　 古瀬幹夫

6. 細胞外マトリックスの多様性とインテグリンシグナリング
　 関口清俊

３. 生理活性因子とシグナル伝達因子

1. 新規FGF遺伝子の探索と機能解析
　 伊藤信行，小西守周

2. グレリン（ghrelin）
　 寒川賢治，児島将康，細田洋司

3. GTP結合タンパク質
　 本田知之，清水一也，中西宏之，高井義美

4. Srcチロシンキナーゼシグナリングの分子機序
　 岡田雅人，小川　輝

5. プロテインキナーゼCの生理的機能の解明にむけた研究戦略
　 鈴木　厚

6. MAPキナーゼカスケード
　 原田武志，西田栄介

7. 細胞死のシグナル伝達
　 清水重臣，辻本賀英

1. HGFによる器官再生とNK4による制癌
　 久場敬司，中村敏一

2. ADAM12によるHB-EGFのプロセシングと心肥大
　 東山繁樹

3. 細胞外マトリックスタンパク質と癌の悪性増殖
　 −ラミニン5を例として
　 廣崎智巳，宮崎　香

4. 癌の悪性増殖とMMP
　 佐藤　博

5. 痴呆の病因タンパク質
　 −アルツハイマー病を中心に
　 岩坪　威

6. Toll様受容体ファミリーのシグナル伝達機構
　 改正恒康，審良静男

プロテオミクスがめざす新時代の細胞機能解析
−画期的な新技術と疾患解析・創薬へのアプローチ

・＜概論＞プロテオミクスの動向と細胞機能解析へのアプローチ 【礒辺 俊明　高橋 信弘】
・細胞内機能性複合体解析のためのタンパク質大規模解析システム 【田岡 万悟　山内 芳雄　新川 高志　礒辺 俊明】
・脳疾患の発現プロテオミクス解析 【荒木 令江】 リン酸化プロテオーム解析の最新技術 【小田 吉哉】
・リボソーム形成過程のプロテオミクス解析 【柳田 光昭　高橋 信弘】
・リバースプロテオミクスによるタンパク質ネットワークの解析 【伊藤 隆司】
・プロテオミクスのためのハイスループットなタンパク質発現・精製系 【早野 俊哉】
・プロテオーム・インフォマティクス 【藤 博幸】

いま，転換期に立つバイオサイエンス研究！
−その歴史と現状そして科研費や講座制，産業化への提言
【村松 正實　新井 賢一】

・香港H5N1インフルエンザウイルスはなぜ人の命を奪うことができたのか？ 【八田 正人　河岡 義裕】
・代謝および脂肪分化制御における翻訳抑制因子4E-BP1の新たな役割 【小原 恭子】
・ミトコンドリア由来の新規細胞死誘導因子：HtrA2/Omi 【鈴木 泰行　高橋 良輔】
・NKT細胞の新規リガンドによる多発性硬化症モデルの抑制 【三宅 幸子　宮本 勝一　山村 隆】

糖新生制御のkey player 【西谷 真人】／7SKはCDK9/サイクリンT1阻害因子である 【H.N.】／ミトコンドリア上流でアポトーシスが決定 【木村 信也】／重複遺伝子の再来 【K.S.】／新型DNAコンピュータの出現 【R.J.】

高解像度ラージゲルを用いた二次元電気泳動法による細胞内発現タンパク質の網羅的検出 【稲垣 直之】

第4回　遺伝子発現の調節その2 【井出 利憲】

緑内障研究の最前線 【真島 行彦】

翻訳／解析ツール／DNA／データベース 【丸山 和夫】

◆ 1-1　バイオインフォマティクスで何ができるの？

1．はじめに〜私がバイオインフォマティクスと出会ったきっかけ
2．「バイオインフォマティクス」とは何か？
3．バイオインフォマティクスでできること，できないこと

◆ 1-2　バイオインフォマティクス的なものの考え方

1．バイオインフォマティクスを勉強する心構え
2．バイオインフォマティクス勉強法（入門編）
3．バイオインフォマティクス勉強法（実践編）

◆ 1-3　バイオインフォマティクスと産業

1．これまでのバイオインフォマティクスと産業のかかわり
2．バイオインフォマティクスと産業のかかわりの実際
3．バイオインフォマティクスのビジネスモデル

◆ 1-4　バイオインフォマティクスと情報科学

1．情報科学者とは？
2．日本における「バイオインフォマティクス」研究の歴史
3．いかにして共同研究していくか

◆ 2-1　バイオインフォマティクスとUNIX

1．UNIXとは
2．実際にUNIXを使ってみよう
3．UNIXのシェルを使ってみよう
4．ソースとバイナリ

◆ 2-2　バイオインフォマティクスとインターネット

1．バイオインフォマティクスとインターネット

◆ 2-3　バイオインフォマティクスのためのコンピュータ環境を構築する

1．Linux編
2．MacOSX編
3．Cygwin編
4．バイオインフォマティクスツールのインストール

◆ 2-4　データベースを個人で取得，管理する

1．FTP入門
2．fmirrorコマンド
3．CVSコマンド

◆ 2-5　自分でプログラ厶を組んでコンピュータを動かす

1．foreachを使いこなそう
2．foreachのルーチン化と新規遺伝子探索のためのログの作成
3．ログファイルからIDの数を数える

◆ 2-6　Bioperlを利用する

1．Bioperlとは
2．BLAST/FASTAパーザー
3．GenBankエントリー取得ツール

◆ 3-1　公共データベースを使ってみよう！

1．公共データベースとは？
2．公共データベースの実際的な利用法〜配列相同性検索ツール
3．公共データベースの実際的な利用例〜cDNA配列群の機能推定・機能注釈付け
4．公共データベースの今後の課題

◆ 3-2　ゲノム情報の解析

1．はじめに
2．ゲノムアノテーション情報の作成
3．ゲノムアノテーション情報の取得
4．ゲノムアノテーション情報の利用

◆ 3-3　遺伝子多型情報の解析

1．SNPとは
2．SNPデータベースの利用
3．SNPと配列精度
4．SNP発見の実際

◆ 3-4　ゲノム比較解析

1．ゲノム比較解析
2．遺伝子群の解析

◆ 3-5　実際に遺伝子発現情報を解析しよう

1．遺伝子発現情報データベース
2．DNAマイクロアレイによる発現情報解析の実際
3．マイクロアレイの標準化，公共データベース化

◆ 4-1　バイオインフォマティクスを研究する

1．バイオインフォマティクスの研究とは？
2．これからのバイオインフォマティクス研究の方向性
3．遺伝子機能情報のコンピュータ化

◆ 4-2　バイオインフォマティクス研究の実例：筆者の場合

1．cDNAマイクロアレイ解析のためのUNIX環境
2．cDNAマイクロアレイ解析に用いるデータとは
3．cDNAマイクロアレイによるデータマイニングの実際

糖鎖のはたらきと糖鎖生物学（谷口 直之　池田 義孝）

1 複合糖質と糖鎖生物学
2 糖鎖はどのようにしてつくられるか
3 糖鎖のはたらき
4 糖転移酵素のもつあらたな機能と病態
5 糖鎖生物学の研究の方向性
6 社会への還元と他分野との融合研究：システム糖鎖生物学への発展

第1章　糖供与体を糖鎖合成の場に供給する 輸送体：糖ヌクレオチド輸送体（石田 信宏）

1 糖ヌクレオチド輸送体とは
2 糖ヌクレオチド輸送体遺伝子の同定
3 輸送活性を担う構造の解析（構造活性相関）
4 糖ヌクレオチド輸送体の生理的役割
5 糖ヌクレオチド輸送体と病気

第2章　アスパラギン結合型糖鎖の多様性形成機構（長束 俊治）

1 冗長な生合成経路と中間体の役割
2 分岐の形成
3 成熟と多様化
4 曖昧な不均一性の中に埋もれている法則

第3章　ムチンおよびムチン型糖鎖の多様性とその意義 （中田 博）

1 ムチン
2 ムチン様糖タンパク質

第4章　糖脂質と糖脂質ミクロドメイン（笠原 浩二　佐内 豊）

1 糖脂質の構造と物性
2 糖脂質の合成と分解
3 糖脂質の生理的機能
4 糖脂質ミクロドメインとは？
5 糖脂質と病気
6 今後の研究の展開

第5章　プロテオグリカンの多様な構造と機能（渡辺 秀人　木全 弘治）

1 グリコサミノグリカン鎖の多様な微細構造と機能
2 コアタンパク質により局在が異なるプロテオグリカン
3 今後の研究展開

第6章　GPIアンカーとは？−その生合成と生物学的意義− （前田 裕輔　木下 タロウ）

1 GPIアンカーの構造・生合成経路
2 GPIアンカー型タンパク質の輸送
3 GPIアンカー型タンパク質のラフトを介したシグナル伝達
4 発作性夜間血色素尿症（PNH）とGPIアンカー

第7章　レクチンとは −糖鎖情報と細胞の出会いの演出家−（福島 慶子　瀬古 玲　山下 克子）

1 代表的な動物レクチン
　1）セレクチン
　2）糖タンパク質の細胞内輸送選別にかかわるレクチン
　3）サイトカイン
　4）ガレクチン

第8章　糖タンパク質の生合成と分子シャペロン （井原 義人）

1 分子シャペロンとは
2 分泌・膜タンパク質の生合成と分子シャペロン
3 カルネキシン/カルレティキュリンの構造
4 カルネキシン/カルレティキュリンのN-結合型糖鎖結合特異性
5 カルネキシン/カルレティキュリンの分子シャペロン機構

1　ミエリン形成，精子形成と糖鎖（本家 孝一）

1 ミエリン形成に必須な糖鎖
2 精子形成に必須な糖鎖
3 今後の研究の展開

2　糖鎖と癌の浸潤・転移（三善 英知　谷口 直之）

1 ヒト癌組織におけるGnT-Vの免疫組織染色による検討
2 GnT-Vと血管新生
3 GnT-Vが 胃癌 細胞の実験的転移を促進させる機構

3　糖転移酵素とプロテアーゼ （北爪 しのぶ　西道 隆臣　橋本 康弘）

1 糖鎖の発現調節とプロテアーゼ
2 α2，6シアル酸転移酵素を切断するプロテアーゼはアルツハイマー病の原因酵素βセクレターゼであった
3 BACE1はほかの糖転移酵素を切断するか？

4　細胞質PNGaseと 小胞体品質管理機構（鈴木 匡）

1 細胞質PNGaseープロテアソームとの分解にかかわる脱糖鎖酵素
2 酵素遺伝子の同定とその一次構造−トランスグルタミナーゼスーパーファミリーの新規な一員としてのPNGase
3 PNGase結合タンパク質の発見

1　糖鎖による細胞増殖・分化の制御（古川 鋼一）
2　先天性免疫と血清レクチン（川嵜 敏祐）
3　糖鎖血液型は糖転移酵素遺伝子のSNPで決まる (岩崎 裕子　成松 久)
4　糖鎖による細胞識別と接着（神奈木 玲児）
5　接着分子とケモカインと糖鎖のクロストーク（宮坂 昌之）
6　糖鎖が機能をもつのは レクチンがあるからである（入村 達郎）
7　発生における糖鎖の役割（村松 喬）
8　糖鎖異常による筋ジストロフィー（遠藤 玉夫）
9　糖鎖工学を利用した創薬技術（地神 芳文　千葉 靖典）
10 糖鎖は進化する（鈴木 明身）
11 癌抑制遺伝子 EXTファミリーはヘパラン硫酸合成の糖転移酵素をコードする（菅原 一幸）

細胞の中で機能分子を目的地へ運ぶしくみ　今，最先端分子イメージング技術が利用される（米田 悦啓）

1 小胞輸送と小胞によらない輸送
2 小胞によらない輸送
3 小胞輸送
4 新しい研究の流れ

第1章　核-細胞質間タンパク質輸送（関元 敏博　米田 悦啓）

1 シグナル：核膜孔通過に必要なチケット
2 importinファミリー：核内外輸送を担う輸送因子群
3 Ran：核-細胞質間輸送を制御する因子
4 多彩な輸送経路　５輸送スイッチのオン-オフ

第2章　RNA輸送（片岡 直行　大野 睦人）

1 RNAの輸送
2 核外に輸送されるRNA

第3章　小胞体-ゴルジ体間輸送（三角 佳生　池原 征夫）

1 小胞輸送の基本的プロセス
2 輸送小胞の種類とコートの違い
3 小胞体からVTC/ゴルジ体への輸送
4 ゴルジ体/VTCから小胞体への逆行輸送

第4章　エンドサイトーシスの分子メカニズム（村田 昌之　田中 亜路）

1 エンドサイトーシスの4つのモード
2 受容体依存性エンドサイトーシスの素過程とコンパートメント
3 受容体依存性エンドサイトーシスの制御機構
4 エンドサイトーシスがかかわる細胞現象

第5章　ミトコンドリアへのタンパク質輸送（三原 勝芳）

1 ミトコンドリア輸送シグナル
2 細胞質での前駆体タンパク質の合成と細胞質因子
3 外膜輸送系
4 内膜輸送系
5 もう１つの輸送経路ﾐマトリクス側から内膜への挿入

第6章　ペルオキシソームの形成（藤木 幸夫）

1 ペルオキシソームの機能
2 ペルオキシソームの形成機構
3 ペルオキシソームの病気：ペルオキシソームの形成障害
4 ペルオキシソーム形成因子（ペルオキシン）の単離
5 ペルオキシソーム形成異常症の病因遺伝子

第7章　葉緑体への輸送（中井 正人）

1 葉緑体局在化のためのトランジット配列にはどんな情報が隠されているのだろうか？
2 細胞質で合成された葉緑体タンパク質前駆体には，分子シャペロンが結合して葉緑体への輸送を助けている．
3 葉緑体外包膜のタンパク質膜透過装置Tocは・・・・・．
4 葉緑体の内包膜のタンパク質輸送装置Ticのコンポーネントについては，・・・・・．
5 ストロマには，さまざまな分子シャペロンとチラコイド膜へのターゲティング因子が待ちかまえている．
6 チラコイドへのタンパク質の輸送には複数の原核生物型の輸送経路が知られている．
7 包膜のタンパク質輸送の制御機構の研究はこの分野のホットな話題の1つである．

第8章　大腸菌におけるタンパク質膜透過ならびに輸送（中戸川 仁　伊藤 維昭）

1 遺伝学的解析：Sec因子
2 生化学的解析：試験管内タンパク質膜透過反応
3 分泌タンパク質前駆体の シグナル配列
4 細胞質から細胞質膜のSec膜透過装置へのターゲティング
5 タンパク質が膜を横切るための「通り道」：SecY/SecE/SecG複合体
6 タンパク質を膜へ「押し込む」モーター分子：SecA ATPase
7 膜透過装置からの遊離：膜透過の完了

1　RNA輸送の新展開（片平 じゅん）

1 転写，転写後修飾と核外輸送のカップリングの重要性
2 mRNAのスプライシングと核外輸送
3 イントロンを含まないmRNAの核外輸送
4 3’末端修飾とmRNAの核外輸送

2　シグナル伝達における核-細胞質間 のタンパク質輸送（福田 真）

1 シグナル伝達分子の核-細胞質間輸送の調節点
2 リン酸化による調節
3 複合体の形成乖離による調節

3　オートファジー：細胞質とリソソームを結ぶメインロード（吉森 保）

1 オートファジーにおけるメンブレン・トラフィック
2 オートファジーの役割

4　シナプス小胞開口分泌制御機構（溝口 明）

1 シナプス小胞開口分泌における6段階
2 シナプス小胞開口分泌の電気生理学的測定法
3 シナプス小胞開口分泌制御と低分子量GTP結合タンパク質Rab3A
4 膜融合コアコンプレックス系

5　Rabファミリー低分子量Gタンパク質による細胞内小胞輸送制御（佐々木 卓也　西村 範行　水野 広一）

1 Rabの細胞内局在と在組織分布
2 Rabのサイクリカルな活性化機構とトランスロケーション
3 Rabの機能

6　細胞内分子動態のイメージング（原口 徳子）

1 局在変化の経時観察
2 FRAP/FLIPによる解析
3 FRETによる解析

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