できるバイオインフォマティクス				◆　出版社　◆　(株)中山書店

■　CHAPTER 1.　生物情報データベースを覗いてみよう

実習の前に 生物情報データベースの基礎知識
●DNA塩基配列−遺伝子−タンパク質−ゲノム？
●生物情報データベース

実習の流れ

実習
●ゲノムネットヘアクセス
●ゲノムネットの概要を閲覧する
●p53遺伝子/タンパク質データを検索する
●さまざまなp53データベースを調べる
●分子グラフィックス操作にチャレンジ

練習問題

プラスワン
パスウェイデータベースにアクセスする(KEGG)
●ポストゲノム解析で注目されるパスウェイ
●KEGGシステムのパスウェイデータベース

参考文献および関連サイト

■　CHAPTER 2.　配列を比べると何がわかるの？

実習の前に 配列の相同性とは？
●配列解析の基本概念
●配列（文字）を比較する
●最適化問題としてのアラインメント
●生物学的意味を持つ文字（アミノ酸残基）置換

実習の流れ

実習
●配列データの取得
●相同性配列検索プログラムBLASTを使ってみよう
●P53_MACMUはどのような生物が持つ遺伝子か調べてみよう

練習問題

プラスワン
遠い進化関係にある配列を探し当てる?!
PSI-BLASTの利用
●遠縁性について（リモートホモログ）
●PSI-BLASTによる遠縁性配列検索

参考文献および関連サイト

■　CHAPTER 3.　遺伝子配列情報を使って生物の類縁関係を調べてみよう

実習の前に 多重配列比較と系統樹解析
●多重配列比較（マルチプルアラインメント）
●系統樹解析

実習の流れ

実習
●配列データの取得
●マルチプルアラインメントの実行
●マルチプルアラインメントの結果から系統樹を作成する

練習問題

プラスワン
マルチプルアラインメントに基づく機能分類樹と立体構造へのマッピング：Evolutionary Trace(ET)法

参考文献および関連サイト

■　CHAPTER 4.　タンパク質の立体構造を覗いてみよう

実習の前に タンパク質の形とは？
●タンパク質の階層構造
●タンパク質の折りたたみ（フォールド）様式
●分子グラフィックスによるタンパク質立体構造の表示

実習の流れ

実習
●タンパク質立体構造データベースProtein Data Bank(PDB)へアクセスする
●タンパク質立体構造データの検索1：PDB-IDおよびキーワードによる検索
●タンパク質立体構造データの検索2：属性ごとのキーワード設定による検索
●タンパク質立体構造データ情報の概要
●タンパク質の立体構造分類を調べる

練習問題

プラスワン
タンパク質の「配列−立体構造−機能」の関係
●ホモログとアナログ
●立体構造と機能

参考文献および関連サイト

■　CHAPTER 5.　配列情報からタンパク質の機能を予測してみよう

実習の前に
●モチーフデータベース
●モチーフの表現方法
●膜貫通領域の推定

実習の流れ

実習
●統合モチーフデータベース検索システムの利用
●モチーフデータベースの観察
●Pfamデータベースを調べる
●膜貫通領域を予測する

練習問題

プラスワン
●シグナルペプチドの予測

参考文献および関連サイト

■　CHAPTER 6.　ゲノムレベルでデータを見る！ ヒトゲノムデータベースへ

実習の前に ゲノム配列決定について
●ゲノム地図の作成と塩基配列の決定
●ゲノム配列を調べる

実習の流れ

実習
●キーワードによるパーキン遺伝子の検索と染色体地図へのマッピング
●BLASTによるパーキン遺伝子配列の検索と染色体地図へのマッピング
●染色体地図の拡大
●リンク情報の参照

練習問題

プラスワン
オーソログ遺伝子に注目した比較ゲノム解析
●オーソログ遺伝子とパラログ遺伝子
●COGデータベース

参考文献および関連サイト

■　CHAPTER 7.　解析の実際 配列解析から立体構造予測、機能予測まで

実習の前に
●タンパク質の立体構造予測
●立体構造情報を利用した機能解析

実習の流れ

実習
●配列解析によるタンパク質判別、局在予測、モチーフ検索
●インターネットによる立体構造予測
●予測構造の評価
●立体構造に基づいた機能解析

練習問題

プラスワン
ゲノムスケールでの配列解析と構造予測

参考文献および関連サイト

■　CHAPTER 8.　文献検索システムPubMedを使いこなす

実習の前に Entrez：分子生物学データ統合検索システム

実習の流れ

実習
●PubMedへのアクセスと既知の文献の検索
●関連論文の検索
●同じコンセプトを持つ広域論文の検索：MeSH用語の利用

練習問題

プラスワン
PubMedの自動用語マッピング機能

参考文献および関連サイト

■　CHAPTER 9.　「生物の情報」と「生理機能」について

はじめに
生物は情報機械である
●化学物質による情報伝達
●細胞を伝わる電気信号
●細胞内への信号伝達

生物のシステムは物質変換でできている
●細胞内外の物質輸送
●分子の合成・分解
●超分子の形成

分子間相互作用による生理機能

参考文献および関連サイト

■　付録

タンパク質立体構造表示のための準備

バイオインフォマティクス関連Webサイト

■　索引

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