細胞工学別冊　植物細胞工学シリーズ14

植物のゲノム研究プロトコール 最新のゲノム情報とその利用法				◆　出版社　◆　株式会社Gakken

図解　植物のゲノム研究
佐々木卓治・田畑哲之

カラー口絵

用語解説

■ 第1章　総論

1-1　植物ゲノム解析の意味するもの
佐々木卓治・田畑哲之

1.イネゲノム解析の経緯と現状
2.シロイヌナズナゲノム解析の経緯と現状
3.植物ゲノム解析の将来の方向

■　第2章　ゲノム解析の原理

2-1　ゲノム解析の戦略
田畑哲之

1.ゲノム構造解析
2.ゲノム情報解析
3.ゲノム機能解析
4.ゲノムリソースの利用

2-2　ゲノム情報解析

2-2-a　ゲノム情報の利用
中村保一

1.インターネットを利用した検索の基礎
2.インターネット上のゲノム情報コンテンツ，検索サーバの利用
3.ゲノム塩基配列上の注釈利用とその問題点

2-2-b　遺伝子系統樹の構築法
西山智明・長谷部光泰

1.配列収集
2.アラインメント
3.不確定部分の除去
4.系統樹の構築
5.系統樹の作図
6.系統樹の信頼性の評価

2-3　マイクロアレイ法
菊池尚志

1.マイクロアレイにおける2つの代表的な方法
2.cDNAマイクロアレイ実験の手順
3マイクロアレイセンター，プローブの増加の試み

2-4　遺伝子破壊法

2-4-a　遺伝子破壊法による機能解析
廣近洋彦

1.遺伝子破壊法
2.機能解析法
3.機能解析研究の問題点と今後の方向性

2-4-b　イネのTos17による遺伝子破壊法
宮尾安藝雄・廣近洋彦

1.Tos17による遺伝子破壊系統の作製法
2.Tos17による遺伝子破壊系統のPCRスクリーニング
3.Tos17挿入部位隣接配列の解析

2-4-c　シロイヌナズナの遺伝子破壊法
加藤友彦

1.遺伝学的手法を用いた遺伝子の機能解析
2.逆遺伝学的手法による遺伝子の機能解析
3.ジーン／エンハンサートラップ法を用いた遺伝子の発現解析
4.アクティベーションタギング法による機能解析

2-5　マップベースクローニング法

2-5-a　イネのマップベースクローニング法
矢野昌裕

1.連鎖分析用の雑種集団
2.小規模集団の連鎖分析
3.大規模集団の連鎖分析
4.ゲノムクローンの選抜
5.塩基配列情報を利用した連鎖地図の精密化
6.候補遺伝子の特定
7.相補性検定

2-5-b　シロイヌナズナのマップベースクローニング法
高田　忍・加藤壮英・田坂昌生

1.マッピングの基礎知識
2.座乗染色体の決定
3.2マーカー間に変異遺伝子を挟む
4.組換え体を増やして詳細なマッピングをする
5.80kbくらい(1BAC)の領域にマップできた後の操作

2-6　プロテオーム解析
小松節子

1.イネにおけるプロテオーム解析の現状
2. プロテオーム解析データの利用
3.二次元電気泳動法

■　Short Topics

可視化技術を用いたゲノム解析の新たな展開
近江戸伸子・福井希一

1.FISH法による遺伝子の検出感度
2.DNAファイバー上での遺伝子の可視化
3.マルチカラーFISH法
4.GISH法による異種ゲノムのモニタリング

完全長cDNA研究の現状
菅野純夫

1.EST配列決定から全長配列決定へ
2.ヒト・マウス・イネのcDNAの全長配列決定計画
3.ゲノム機能解析プロジェクトへの発展

■　第3章　ゲノム解析の実際

3-1　イネのゲノムシークエンス
松本　隆・片寄裕一・馬場知哉・山本公子・佐々木卓治

1.物理地図作成
2.PACサブライブラリー作製とシークエンス鋳型作製
3.シークエンス反応および電気泳動
4.シークエンスデータの変換とアセンブル編集
5.アノテーション

3-2　シロイヌナズナのゲノム解析の現状
佐藤修正・田畑哲之

1.国際ゲノムプロジェクト
2.ゲノム配列解析プロジェクトの経過
3.ゲノム構造の特徴
4.ゲノム配列情報を利用および補完する研究
5.ゲノム機能解析

3-3　マメ科のモデル植物　ミヤコグサ
川口正代司・今泉(安楽)温子・村上泰宏・本村知樹・川崎信二

1.モデル植物としてのミヤコグサ
2.EST解析
3.マッピングの現状
4.タギングの現状
5.ポジショナルクローニング
6.形質転換，外来遺伝子導入法
7.ミヤコグサ根粒菌全ゲノム配列の決定
8.ミヤコグサコンソーシアム

3-4　ダイズのゲノム解析
原田久也・山中直樹・星　雅子・坪倉康隆・渡辺啓史

1.ダイズを研究材料とする意義
2.ダイズのゲノム解析の現状
3.ECL法を用いたRFLP分析
4.SSRマーカーの作出

3-5　ゼニゴケの無菌培養法および形質転換法
竹中瑞樹・大山莞爾

1.無菌培養法
2.形質転換法

3-6　遺伝子ターゲティングの容易なヒメツリガネゴケ
長谷部光泰・日渡祐二・西山智明

1.ヒメツリガネゴケとは
2.ヒメツリガネゴケの生活環
3.培養法および遺伝子機能解析法
4.ゲノム解析の現状

3-7　緑藻クラミドモナスにおけるゲノム情報の利用と遺伝子の同定
福澤秀哉・九町健一・三浦謙治

1.変異株から新たな遺伝子を見いだすには
2.ESTデータベースを利用した遺伝子の同定
3.ガラスビーズ法による核ゲノムの形質転換と遺伝子タギング
4.タグ挿入部位に隣接するDNA断片を用いた変異を相補する遺伝子の単離
5.エレクトロポレーションによる変異の相補実験

3-8　アサガオの連鎖地図とトランスポゾンディスプレイ
仁田坂英二・星野　敦・田中幸子・飯田　滋

1.AFLPマーカーを用いた連鎖地図の作成
2.Tpn1ファミリーを用いたトランスポゾンディスプレイ法

3-9　倍数性コムギのゲノムサイエンス
荻原保成

1.コムギの実験材料としての特徴
2.コムギのゲノムサイエンス
3.パンコムギTACライブラリーからの目的クローンの選抜

3-10　ゲノム研究の対象としてのオオムギ
齋藤　彰・佐藤和広

1.オオムギの材料育成法
2.ゲノム研究ツール

3-11　シアノバクテリアの形質転換法および遺伝子破壊法
池内昌彦

1.シアノバクテリアの分類
2.ゲノム解析されているシアノバクテリア
3.Synechocystis sp.PCC 6803の培養
4.ゲノムDNAの単離
5.RNA抽出法
6.形質転換法
7.表現型相補による新規遺伝子の同定
8.遺伝子破壊法
9.好熱性シアノバクテリアSynechococcus elongatusの形質転換

3-12　海のモデル植物　スサビノリ
嵯峨直恆・田畑哲之

1.スサビノリとは
2.スサビノリ研究の魅力
3.ゲノム解析へ向けたインフラストラクチャーの整備
4.今後の課題と展望

3-13　カンキツ類のゲノム解析−CAPSマーカーによる品種のタイピングとマッピング−
大村三男

1.CAPSプライマーの設計
2.PCR条件の最適化によるSTSフラグメントの増幅
3.CAPSの検出と品種のタイピング，遺伝分析

3-14　モモのマッピング
山本俊哉・林　建樹

1.形態形質の遺伝解析
2.ゲノムDNAの抽出
3.ゲノムDNAの精製
4.モモのマッピング法

3-15　針葉樹のゲノムマッピングとその活用−スギ−
津村義彦

1.針葉樹ゲノム研究の現状
2.スギゲノム研究の概要

■　Short Topics

ゲノム解析の現状と未来
(1)ヒト
藤山秋佐夫

1.ヒト・ゲノムプロジェクトの原点
2.ヒトゲノム塩基配列決定の進展
3.ヒトゲノム研究のこれから

(2)線虫C.elegans
杉本亜砂子

1.遺伝子配列解析
2.遺伝子発現様式解析
3.遺伝子機能解析
4.統合的データベース

(3)酵母
久原　哲

1.酵母研究の新世界
2.今後解決すべき問題

■　索引