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細胞工学別冊

次世代シークエンサー DRY解析教本				◆　出版社　◆　株式会社Gakken

はじめに

本書の使い方

■　Level 1（準備編）

1. Macの買い方
   
   
2. コマンドラインの使い方
   
   
3. Rの使い方
   
   
4. データベースの選び方
   
   
5. データ解析のための統計の基礎
   
   ●NGS基本用語解説

■　Level 2（実践編）

1. 練習用公開データの選び方
   
   
2. 発現解析
   
   ● 発現解析・手順書
   ●【再現・検証】研究者の妻のDRY解析奮闘日記
   
   
3. 疾患ゲノム解析
   
   ● 疾患ゲノム解析・手順書
   ●【再現・検証】疾患ゲノム解析実習レポート
   ●【再現・検証】有償ソフトウェアならここまでできます
   
   
4. エピゲノム解析（ChIP-seq/FAIRE-seq/ATAC-seq）
   
   ● エピゲノム解析（ChIP-seq）・手順書
   ●【再現・検証】ウェットなPIのChIP-seqことはじめブログ
   
   
5. エピゲノム解析（WGBS）
   
   ● エピゲノム解析（WGBS）・手順書(1)
   ●【再現・検証】ギーク女優のWGBSガチ実況
   ● エピゲノム解析（WGBS）・手順書(2)
   ●【再現・検証】担当編集者のつぶやき検証レポート

■　Level 3（論文別・作図コマンド解説）

1. R＋pairs.panels
   
   
2. R＋vioplot
   
   
3. R＋ggplot2 grid
   
   
4. R＋rGADEM
   
   
5. R＋biomaRt＋reshape2＋ggplot2＋grid＋entropy
   
   
6. R＋KEGGgraph
   
   
7. R＋trisomy.R
   
   
8. R＋edgeR＋hclust
   
   
9. R＋beanplot＋boxplot＋barplot＋IGV
   
   
10. Perl＋R＋ChromHMM＋IGV
    
    
11. R＋python＋visMut2sp.R
    
    
12. Velvet＋Murasaki＋GMV
    
    
13. Perl＋gc_contentSkew＋Tcl/Tk
    
    
14. imlib2＋distriSNP
    
    
15. SQLite3＋R＋Ruby＋Univa Grid Engine

■　おわりに

■　索引

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