バイオウェブ


細胞工学別

次世代シークエンサー
DRY解析教本

 出版社  学研メディカル秀潤社

〒141-8510 東京都品川区西五反田2-11-8
TEL 03-6431-1002
FAX 03-6431-1660
URL http://www.shujunsha.co.jp/

はじめに

本書の使い方

■ Level 1(準備編)
  1. Macの買い方

  2. コマンドラインの使い方

  3. Rの使い方

  4. データベースの選び方

  5. データ解析のための統計の基礎

    ●NGS基本用語解説
■ Level 2(実践編)
  1. 練習用公開データの選び方

  2. 発現解析

    ● 発現解析・手順書
    ●【再現・検証】研究者の妻のDRY解析奮闘日記

  3. 疾患ゲノム解析

    ● 疾患ゲノム解析・手順書
    ●【再現・検証】疾患ゲノム解析実習レポート
    ●【再現・検証】有償ソフトウェアならここまでできます

  4. エピゲノム解析(ChIP-seq/FAIRE-seq/ATAC-seq)

    ● エピゲノム解析(ChIP-seq)・手順書
    ●【再現・検証】ウェットなPIのChIP-seqことはじめブログ

  5. エピゲノム解析(WGBS)

    ● エピゲノム解析(WGBS)・手順書(1)
    ●【再現・検証】ギーク女優のWGBSガチ実況
    ● エピゲノム解析(WGBS)・手順書(2)
    ●【再現・検証】担当編集者のつぶやき検証レポート
■ Level 3(論文別・作図コマンド解説)
  1. R+pairs.panels

  2. R+vioplot

  3. R+ggplot2 grid

  4. R+rGADEM

  5. R+biomaRt+reshape2+ggplot2+grid+entropy

  6. R+KEGGgraph

  7. R+trisomy.R

  8. R+edgeR+hclust

  9. R+beanplot+boxplot+barplot+IGV

  10. Perl+R+ChromHMM+IGV

  11. R+python+visMut2sp.R

  12. Velvet+Murasaki+GMV

  13. Perl+gc_contentSkew+Tcl/Tk

  14. imlib2+distriSNP

  15. SQLite3+R+Ruby+Univa Grid Engine
■ おわりに

■ 索引


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