バイオウェブ - 明日を拓く新次元プロテオミクス

■　第1部　技術編

1 間違いだらけのマス選び：質量分析計購入ガイド
中山敬一・松本雅記

I イオン源以前の部分について

II イオン化法の種類：ESI法かMALDI法か

■1. エレクトロスプレーイオン化（ESI）法

■2. マトリックス支援レーザー脱離イオン化（MALDI）法

III 質量分析部

■1. マスの性能を表すパラメーター
1）感度（sensitivity）
2）精度（accuracy）
3）分解能（resolution）
4）質量レンジ（mass range）
5）スキャン速度（scan speed）
6）その他

■2. 代表的なマスシステムとその特徴：基本3原理（Q，IT，TOF）
1）四重極（Q）型マス
2）イオントラップ（IT）型マス
3）飛行時間（TOF）型マス

■3. 代表的なマスシステムとその特徴：複合型について
1）ハイブリッド（Qq/TOF）型マス
2）イオントラップ/フーリエ変換装置（IT/FT）型マス
3）トリプルステージ（Qq/Q）型マス
4）タンデム飛行時間（TOF/TOF）型マス

2 高感度質量分析のための液体クロマトグラフィ
中山洋

I プレカラム試料濃縮

II LCシステム体積のダウンサイジング

III 低流速グラジェントシステム

■1. 分流方式

■2. 直接方式

IV ナノLC-MSの将来

3 次世代定量プロテオミクス
松本雅記・中山敬一

I 発現プロテオミクス

■1. 二次元電気泳動によるプロテオーム研究の幕開け

■2. ショットガン・プロテオミクス

■3. ターゲット・プロテオミクス

II 次世代定量プロテオミクスに向けて

4 翻訳後修飾プロテオミクスの最前線
京野完・杉山直幸・石濱泰

I 様々な翻訳後修飾のプロテオーム解析

■1. リン酸化修飾

■2. 糖鎖修飾

■3. アセチル化修飾

■4. ユビキチン化修飾

II タンパク質リン酸化修飾のプロテオーム解析

■1. リン酸化プロテオーム解析技術
1）リン酸化ペプチドの濃縮法
2）リン酸化ペプチドの検出・同定法

■2. 実際の応用例

5 質量分析イメージング法：質量顕微鏡法について
瀧澤義徳・田中宏樹・早坂孝宏・瀬藤光利

I 質量分析の原理

II 質量顕微鏡法の原理

III 質量顕微鏡法の実際

IV 質量顕微鏡法による解析

■1. ペプチド解析

■2. リン脂質の解析

■3. 質量顕微鏡の開発

V イメージング可能な質量分析装置

6 超々高感度質量分析への道のり
夏目徹

I 最初のダイレクトナノLC

II 成功は死の谷の始まり

III LC革命ヤタガラス君登場

IV サンプル調製の自動化

■　第2部　基礎生物学編

1 ペプチド連結型スタンダードを用いたタンパク質複合体構成成分の定量解析
紀藤圭治・伊藤隆司

I タンパク質複合体の定量解析：相対定量と複合体構成成分のストイキオメトリー

II ペプチド連結型スタンダードを利用した定量解析法（PCS-MS法）

III タンパク質複合体構成成分の定量解析とその意義

IV PCS-MS法による複合体定量解析の課題

2 染色体を構築する複合体のプロテオミクス解析
長尾恒治・野澤竜介・小布施力史

I ヘテロクロマチンタンパク質HP1

II 特異的相互作用因子の同定プロセス

■1. ベイト，比較対象の選択

■2. 質量分析計によって同定されたタンパク質の半定量解析

■3. 半定量解析による特異的相互作用タンパク質の同定

III HP1αを中心としたタンパク質間相互作用ネットワーク

3 リボヌクレオプロテオミクス研究に向けたLC-MSシステムの開発
田岡万悟・中山洋・高橋信弘・礒辺俊明

I LC-MS法を利用したRNA研究

II リボヌクレオプロテオミクス研究のためのRNA質量分析法

■1. RNAのLC-MS法の高性能化

■2. RNA検索のためのソフトウェア

III RNP複合体のリボヌクレオプロテオミクス研究：RNAとタンパク質の並行解析

■　第3部　医学・医療応用編

1 癌バイオマーカー探索のための蛍光二次元電気泳動法
近藤格

I 蛍光二次元電気泳動法の原理と基本

■1. 原理

■2. 蛍光色素

■3. 蛍光二次元電気泳動法の利点
1）再現性
2）定量性
3）網羅性
4）スループット
5）レーザーマイクロダイセクション

II 蛍光二次元電気泳動法を用いた癌バイオマーカーの例

III 蛍光二次元電気泳動法の周辺技術

■1. タンパク質サンプル調製法

■2. レーザーマイクロダイセクション法

■3. タンパク質同定技術

■4. ウェスタンブロッティング

■5. 分画法

■6. 画像解析

■7. データベース

IV バイオマーカー開発のポイント：from bedside to bench and back

2 iTRAQ試薬を用いた疾患バイオマーカー探索
木村弥生・平野久

I iTRAQ試薬による定量解析の原理

II iTRAQ試薬による定量解析のワークフロー

III iTRAQ試薬による実際の発現量変動解析の例

■1. 前立腺癌関連タンパク質の探索

■2. 卵巣癌関連タンパク質の探索

3 2DICALを用いた疾患バイオマーカー探索
尾野雅哉・松原淳一・根岸綾子・山田哲司

I 2DICALの解析手法

■1. 2DICALの基礎概念

■2. 質量電荷比，保持時間の再現性

■3. 統計処理（マーカーの探索）

■4. ペプチド配列同定と翻訳後修飾

■5. まとめ

II 2DICALによる疾患バイオマーカーの開発

■1. 疾患バイオマーカーの開発
1）バイオマーカーの定義
2）バイオマーカーの探索
3）バイオマーカーの検証および実用化

■2. 血漿膵癌腫瘍マーカーの開発
1）腫瘍マーカーの探索
2）腫瘍マーカーの構造決定
3）腫瘍マーカーの検証

■3. 膵癌治療毒性のマーカー開発

III 2DICALの細胞生物学への応用

■1. 培養細胞への応用

■2. 病理組織への応用

4 体液プロテオミクスによるバイオマーカー探索
高尾敏文・里見佳典・須藤浩三

I バイオマーカーの検出例

II 安定同位体標識による比較解析

■　索引