10号 (2008)
遺伝子医学MOOK  出版社  (株)メディカル ドゥ

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DNAチップ/マイクロアレイ臨床応用の実際
−基礎・最新技術、臨床・創薬研究応用への実際から今後の展開・問題点まで−

編集: 油谷浩幸(東京大学先端科学技術研究センターゲノムサイエンス分野教授)

■ 総論 

マイクロアレイ解析 (油谷浩幸)

■ 第1章 DNAチップ/マイクロアレイの基礎

1.発現解析
 1)RNAの解析:総論 (油谷浩幸)
 2)単一細胞マイクロアレイ法の開発と応用 (斎藤通紀・薮田幸宏・栗本一基)
 3)ホルマリン固定パラフィンと包埋標本を用いたトランスクリプトーム解析
                             (星田有人・Todd R. Golub)
 4)エクソンアレイ解析 (西村邦裕)
 5)マイクロRNA (間野博行)
 6)Standard Controls and Protocols for Microarray Based Assays
   in Clinical Applications (Janet A. Warrington)

2.配列解析
 1)リシークエンシング (間野博行)
 2)DNAマイクロアレイを応用したハイスループット遺伝子解析システム
                             (高橋祐二・後藤 順・辻 省次)

3.SNP解析
 1)SNPゲノムタイピング(総論) (久木田洋児・林 健志)
 2)全ゲノム関連解析 (南谷泰仁・小川誠司)
 3)精神疾患の関連解析 (有波忠雄)

4.コピー数解析
 1)SNPアレイを用いたゲノムコピー数の解析 (小川誠司・南谷泰仁・山本 豪)
 2)コピー数多型と疾患解析 (石川俊平)
 3)BACアレイを用いた微細染色体異常の検出 (井本逸勢・林 深・稲澤譲治)

■ 第2章 DNAチップ/マイクロアレイの最新技術

1.エピジェネティクス
 1)ChIP-chip技術(総論) (古俣麻希子・白髭克彦)
 2)タイリングアレイのデータ解析 (堤 修一)
 3)メチル化解析 (永江玄太)
 4)MassArrayR によるDNAメチル化解析 (金田篤志)

2.最新技術/システム
 1)SuperSAGEアレイ法 (松村英生・寺内良平)
 2)高感度マイクロアレイ (土屋創健・清水一治・辻本豪三)
 3)電流検出型DNAチップ (源間信弘)

■ 第3章 データ解析法

1.発現マイクロアレイデータ解析(概論) (星田有人・油谷浩幸)

2.マイクロアレイデータ解析法 (牛嶋 大・宮田 敏・松浦正明)

3.遺伝子発現データベース (山本尚吾)

4.遺伝子セットを使った発現情報の解析(GSEA解析) (辻 真吾)

5.インタラクトームからのパスウェイ解析 (井原茂男)

■ 第4章 DNAチップ/マイクロアレイ臨床応用への実際

1.疾病の解析−発現解析各論−
 1)マイクロアレイを用いた生活習慣病関連遺伝子の解明−発現マッピングと
   eQTLマッピングの可能性 (水野洋介・二階堂愛・岡崎康司)
 2)癌幹細胞におけるアレイ解析 (松崎信治・原口直紹・森 正樹)
 3)活性化血管内皮細胞のアレイ解析と血管疾患 (南 敬)
 4)肺癌のアレイ解析 (元井紀子・石川雄一)
 5)肝癌のアレイ解析 (緑川 泰・杉山保幸)
 6)大腸癌のアレイ解析 (竹政伊知朗・池田正孝・山本浩文・関本貢嗣・門田守人)
 7)眼科領域におけるアレイ解析の動向 (中野正和・米田一仁・木下 茂・田代 啓)
 8)アレルギー疾患のアレイ解析 (松本健治)
 9)ニュートリゲノミクスのアレイ解析 (加藤久典・阿部啓子)
 10) 哺乳類発生分化研究におけるアレイ解析の応用 (内山裕佳子・西中村隆一)

2.個別化医療
 1)オーダーメイド医療 (片桐豊雅・中村祐輔)
 2)癌における薬剤応答性 (齋藤さかえ・鶴尾 隆・冨田章弘)
 3)細胞株パネルを用いた薬剤感受性予測 (辰野健二・油谷浩幸)
 4)RNAチェックによる寛解をめざした関節リウマチの個別化医療 (谷野元彦・竹内 勤)
 5)神経芽細胞腫 (大平美紀・中川原章)
 6)個別化医療OncotypeDxTM、MammaPrintR (上野貴之・戸井雅和)

■ 第5章 DNAチップ/マイクロアレイ創薬研究応用への実際

1.創薬研究応用
 1)ファーマコゲノミクス(総論) (前田和哉・杉山雄一)
 2)概日リズムと創薬標的遺伝子探索 (橋本誠一)
 3)抗腫瘍性低分子化合物の転写プロファイリングと生物パスウェイ解析への応用 (大和隆志)

2.トキシコゲノミクス
 1)percellome Project (菅野 純・北嶋 聡・相ア健一・五十嵐勝秀・中津則之・高木篤也・
                           種村健太郎・小川幸男・児玉幸夫・関田清司)
 2)動物を用いたアレイ実験の実際 (中山光二・関島 勝)
 3)医薬品安全性評価とヒトにおける副作用予測 (小野 敦)

■ 資料

1.市販DNA チップ一覧
2.市販DNA チップ解析ソフト一覧
3.カスタムチップ作製受託会社一覧
4.DNA チップ解析受託会社一覧

■ 索引


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